一，器官特异性自身免疫系统疾病，器官的病理损害和功障碍仅限于抗体或致敏的淋巴细胞所针对的某一器官，主要是慢性淋巴结细胞性的甲状腺炎、甲状腺功能亢进、胰岛素依赖型的糖尿病、重症肌无力，溃疡性的肠炎等。

二，系统性的自身免疫系统病，系统性的红斑狼疮，该病多见于育龄期女性，可以囊括所有的结缔组织病的临床特点，表现为多器官系统受损可有发热、面部红斑、关节痛、脱发、口腔溃疡等可累及肾脏血液系统心血管及神经系统。类风湿性关节炎也是所有免疫系统疾病。

三，系统性的血管炎，包括一系列血管性慢性炎症反应所致的血管壁受损为特征的病变，较常见的是结节性的多动脉炎，似皮肌炎。