引物,很兴奋.帮我看看怎么样,在线引物tm值计算器等

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(crystaldiskmark)求大神帮我看看这个硬盘怎么样,在线等,挺急的。如题
我有更好的答案
速度是相对不错的了pcie通道的固态硬盘性能确实不错。再有搜索你固态的信号看看评测成绩对比下偏离不大就毫无问题。
嗯嗯,阿里嘎都
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在线等 关于引物设计 有人会回答这两道题吗已有2人参与
1.   Design forward and reverse primers that will amplify the central 100-150 bases of the coding region of your gene.  Write down the primers (20 mers) that you used and provide both the G-C content and Tm for each primer.
2.   The primers that you would use to amplify a cat-sacB cassette are as follows:
Forward primer:  5’-ATC AAA GGG AAA ACT GTC CAT AT-3’
Reverse primer:  5’ TGT GAC GGA AGA TCA CTT CG-3’
Using E. coli  recombineering strains, describe your plan to replace your gene with a cat-sacB cassette.  Write any new primers you would use below.
ATGCAAGAAGGGCAAAACCGTAAAACATCGTCCCTGAGTATTCTCGCCATCGCTGGGGTGGAACCATATCAGGAGAAGCCGGGCGAAGAGTATATGAATGAAGCCCAGCTGGCGCACTTCCGTCGTATTCTGGAAGCATGGCGTAATCAACTCAGGGATGAAGTCGATCGCACCGTTACACATATGCAGGATGAAGCAGCCAACTTCCCGGACCCGGTAGACCGTGCAGCCCAGGAAGAAGAGTTCAGCCTCGAACTGCGTAACCGCGATCGCGAGCGTAAGCTGATCAAAAAGATCGAGAAGACGCTGAAAAAAGTGGAAGACGAAGATTTCGGCTACTGCGAATCCTGCGGTGTTGAAATTGGTATTCGCCGTCTGGAAGCGCGCCCGACAGCCGATCTGTGCATCGACTGCAAAACGCTGGCTGAAATTCGCGAAAAACAGATGGCTGGCTAA
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ella_0717: 回帖置顶
03:21:30ella_0717: 取消置顶
引用回帖:: Originally posted by renzhiq at
这两题都很简单……
第一题,设计扩增100~150的内部引物。
第二题,就是典型的基因敲除,双交换。
手机回帖,复制不太方便。没明白再问我…… 有微信么 不懂怎么做
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【答案】应助回帖
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这两题都很简单……
第一题,设计扩增100~150的内部引物。
第二题,就是典型的基因敲除,双交换。
手机回帖,复制不太方便。没明白再问我……
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引用回帖:: Originally posted by renzhiq at
这两题都很简单……
第一题,设计扩增100~150的内部引物。
第二题,就是典型的基因敲除,双交换。
手机回帖,复制不太方便。没明白再问我…… 我明白什么意思了 但是不知道自己做的对不对啊 有微信 邮箱什么的都行啊
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有人会吗?明天交作业
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看到版上经常还是有许多战友为引物的设计感到头疼。不过这也难怪,虽然原理我们都知道,但是设计的时候却未必能都考虑的很完全。
在这里我向大家隆重推荐一个在线的引物设计软件,是斯坦福大学的,我认为是最好的在线引物设计软件,我用它设计接近100多对引物,可以说是屡试不爽。它用起来也很简单,最重要的是效果非常好,考虑的因素也非常的多。
先不说那么多了:网址:
下面我继续图示。
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首先输入你想要p的片断,含有数字也无所谓,选择pcr选项。
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点击“submit”进入下面的页面。
其中在Select YES to Amplify a region with EXACT endpoints of the DNA sequence entered NO YES这一项中,一定要选择yes,其他的各项目,大家可以点击查看说明,也都是非常的好理解。暂时,我们先不要改软件自设的默认值,直接submit
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然后我们就得到了结果,它会把所有可能的引物都会列出来,而且会把最好的一对帮你挑选出来,of course,我们要选择最好的。
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然后点击“This is the BEST pair of primers”就得到了设计好的引物。而且也会显示出“The sequence of DNA that will be amplified by these primers is ”如果你不放心,你可以将该序列和你的原始序列比较一下,不会有问题的了。
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当然这是最顺利的情况,但是有时并不是这么简单,例如我前两天帮一个战友设计引物,他想要的序列:
atcgat cagattatca aataatatac caaaattgat acatatgata catatgaatg
721 atatatgttt tggatatatt atttgttaaa attaattcat caggtgatga tgtgatgata
781 atcattgaaa aatgacaaaa atcccctgat taagtataat aaaaatagta agtaaaaaag
841 gcaaattttt acttacaaaa tattacatat tggaataaat aatttaatct ttcatatata
901 taactgtgat acatcataaa tatatatata gcaaaagaaa gatataaatt attatcattt
961 tttttgatca ttattgctat aattattatc ctgcttgttt aactataata atagcaatga
1021 atgaatcaaa atttaaatga tacgttaaaa tccaaccaat atgttataaa ttttctttca
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我们直接提交得出的结果:
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这样的话,按照默认的设的值并不能得到合适的引物,很明显如果让我们自己人工设,可能就不会考虑这么的详细:首先第一个问题,GC含量太低。
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为了重新设计,我们点击浏览器上的后退,回到前一页,也就是默认值的设定这一页。
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谢谢楼主,可是我的基因出来的是这种结果怎么办?
Primers for PCR
There were 1 forward primers in the valid range for GC content.
There were 4 reverse primers in the valid range for GC content.
There were 1 forward primers in the valid range for melting temperature.
There were 0 reverse primers in the valid range for melting temperature.
The Tm range was too stringent, no primers were found in that range小木虫 --- 700万学术达人喜爱的学术科研平台
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&&大家帮我看看这个引物设计合理么?不知道怎么检测引物设计是否合理
大家帮我看看这个引物设计合理么?不知道怎么检测引物设计是否合理
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F-CGGAATTCCGATGGGAAATACTCGTAAA& & EcoR I
T-CGGGATCCCGTTAGGATAATACTTTCAT& &&&BamH I
GC43%,Tm58
olige和primer5都只能查找引物啊,产物长度也不够
QQ截图20.png
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扫描下载送金币在线等引物3‘端应该有几个碱基严格互补(引物,碱基) - DNA技术 - 生物秀
标题: 在线等引物3‘端应该有几个碱基严格互补(引物,碱基)
摘要: [在线等引物3‘端应该有几个碱基严格互补(引物,碱基)] 如题,设计一段引物3’端连续互补的碱基最少应该有几个? 关键词:[引物 碱基]……
如题,设计一段引物3’端连续互补的碱基最少应该有几个?
回复PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功,但遵循某些原则,则有助于引物的设计。1.引物的特异性引物与非特异扩增序列的同源性不要超过70%或有连续8个互补碱基同源。2.避开产物的二级结构区某些引物无效的主要原因是引物重复区DNA二级结构的影响,选择扩增片段时最好避开二级结构区域。用有关计算机软件可以预测估计mRNA的稳定二级结构,有助于选择模板。实验表明,待扩区域自由能(△G°)小于58.6lkJ/mol时,扩增往往不能成功。若不能避开这一区域时,用7-deaza-2′-脱氧GTP取代dGTP对扩增的成功是有帮助的。3.长度寡核苷酸引物长度为15~30bp,一般为20~27mer。引物的有效长度:Ln=2(G+C)+(A+T+,Ln值不能大于38,因为>38时,最适延伸温度会超过Taq DNA聚合酶的最适温度(74℃),不能保证产物的特异性。4.G+C含量G+C含量一般为40%~60%。其Tm值是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50%寡核苷酸双链解链的温度,有效启动温度,一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm=4(G+C)+2(A+T)估计引物的Tm值,则有效引物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。5.碱基础随机分布引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C,因这样会使引物在G+C富集序列区错误引发。6.引物自身引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹状结构牙引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。若用人工判断,引物自身连续互补碱基不能大于3bp。7.引物之间两引物之间不应不互补性,尤应避免3′端的互补重叠以防引物二聚体的形成。一对引物间不应多于4个连续碱基的同源性或互补性。8.引物的3′端引物的延伸是从3′端开始的,不能进行任何修饰。3′端也不能有形成任何二级结构可能,除在特殊的PCR(AS-PCR)反应中,引物3′端不能发生错配。在标准PCR反应体系中,用2U Taq DNA聚合酶和800μmol/L dNTP(四种dNTP各200μmol/L)以质粒(103拷贝)为模板,按95℃,25s;55℃,25s;72℃,1min的循环参数扩增HIV-1 gag基因区的条件下,引物3′端错配对扩增产物的影响是有一定规律的。A∶A错配使产量下降至1/20,A∶G和C∶C错七下降至1/100。引物A:模板G与引物G:模板A错配对PCR影响是等同的。9.引物的5′端引物的5′端限定着PCR产物的长度,它对扩增特异性影响不大。因此,可以被修饰而不影响扩增的特异性。引物5′端修饰包括:加酶切位点;标记素、荧光、地高辛、Eu3+等;引入蛋白质结合DNA序列;引入突变位点、插入与缺失突变序列和引入一启动子序列等。10.密码子的简并如扩增编码区域,引物3′端不要终止于密码子的第3位,因密码子的第3位易发生简并,会影响扩增特异性与效率。
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