1、酶不同体内主要是DNA聚合酶，體外是taq酶；

2、温度不同体内是37度，体外有变性、退火、延伸三种温度；

3、解链方式不同体内采用解旋酶同时消耗ATP，体外采用热变性；

4、体内的聚合酶有校对功能体外的taq酶没有校对功能；

5、体内所用引物是RNA，体外一般是DNA引物

PCR实际上是在体外模拟DNA体内复制的过程。和体內DNA复制一样PCR在扩增DNA的时候也会经历DNA双链的解开（变性），寡聚核酸与的结合（退火）以及开始合成DNA（延伸）的三个过程。但PCR和体内DNA复淛不同在体内整个过程是由一系列酶所控制的，所以像DNA解链等在体温下就可以完成而PCR则需要一个高温来完成DNA的解链，所以PCR反应的DNA 是耐高温的酶此外，无论体内或者PCR反应DNA的合成都需要一小段寡聚核酸作为引物提供3‘羟基末端，以让识别并开始合成DNA在体内这个3’羟基末端是由寡聚的RNA提供，而在PCR中则由寡聚的DNA提供因为比RNA分子稳定易于储藏和使用。在体内聚合方向是5‘-3’的其中一条链是5‘-3’，而另外┅条链虽然也是5‘-3’但它是由连接起来的，而总体的合成方向是3‘-5’在PCR反应中，每一条链的合成方向都是5‘-3’没有类似的东西。在體内DNA聚合是从复制起始位点开始的，由聚合酶识别复制起始位点而在PCR反应中，DNA的聚合是从引物结合处开始的主要是由引物的来控制複制的起始位置。基本上就是这样了、

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