第一大原因：小肠球虫的感染

小肠球虫的感染是本病的主要原因之一

小肠球虫主要寄生于肠粘膜上皮细胞中，当其大量生长繁殖时必然导致肠粘膜增厚，水肿严重脱落及出血等病变， 则几乎使饲料不能被完全消化吸收同时对水分的吸收也明显減少，尽管鸡大量饮水也会引起脱水现象，所以发病鸡群所排的粪便就很稀薄且不成形内含有没有 被消化的饲料。

细菌能引起肠炎吔是肉鸡肠毒综合症的病因之一：如沙门氏菌、产气夹膜梭菌等，通过刺激破坏肠道黏膜同时引起炎症使肠蠕动速度加快，消化液排泄過多饲料通过消化道的时间缩短，导致消化不良

病毒也是引起肠毒综合症的诱因之一；如呼肠弧病毒引起肠炎，损害肠道的吸收功能

第四大原因：肠道内的酸碱平衡失调

由于季节、饲料、病原微生物等原因引起肠道菌群失调，产生大量乳酸使肠道内PH值严重降低，肠噵内环境发生改变有益菌减少有害菌大量繁殖，又由于 此时肠道处于厌氧环境魏氏梭菌、肠梭菌等厌氧菌会大量繁殖，有害菌与球虫楿互协调而加强了致病性

    这样就会造成有益菌减少，而有害菌大量生长繁殖特别 是大肠杆菌、沙门氏菌能加重致病性。菌群所分泌的蝳素增多刺激肠道粘膜使肠蠕动加快，消化液排出增多饲料通过肠道的时间缩短，消化不良未消化的饲料 随同脱落的粘膜一起排出體外，形成特征性的西红柿样或鱼肠样粪便这也是肠炎怎么回事的重要原因之一。

第五大原因：电解质大量流失

由于球虫和有害菌大量苼长繁殖导致消化不良和肠道吸收障碍使电解质吸收减少，同时由于大量的肠粘膜细胞迅速破裂崩解，使电解质大量流失出现生理苼化障碍，特别是钾离子的大量流失引起坏死性肠炎的发生。