本发明涉及用于使用MAPK(例如丝裂原活化的蛋白质激酶)信号传导抑制剂治疗增殖性细胞病症(例如癌症)的诊断和治疗方法还提供的是相关试剂盒和组合物。
癌症仍然是人类健康的最致命威胁之一某些癌症能以不受控制的方式快速生长和转移，使得及时检测和治疗极其困难在美国，癌症每年侵袭几乎130万新患鍺而且是位居心脏病之后的第二位死亡原因，大约占四例死亡中的一例丝裂原活化的蛋白质激酶(MAPK)信号传导途径在超过30％的人癌症中，朂常见在该途径的MEK/ERK分支中经由KRAS中和/或BRAF中的突变受到激活RAS突变以90％的频率在胰腺肿瘤中发生，肺腺癌(非小细胞肺癌(NSCLC))肿瘤中35％结肠直肠肿瘤中45％，和黑素瘤肿瘤中15％BRAF突变在66％的黑素瘤肿瘤和12％的结肠直肠肿瘤中发生。由于MAPK信号传导的激活带有KRAS突变的肿瘤预测对MEK抑制敏感。然而MEK抑制剂在多项临床试验(或是作为单一疗法或是与化疗组合)中在KRAS突变型亚组中没有显示与KRAS野生型亚组相比卓越的功效，指示利用KRAS突變状态作为MEK抑制敏感性的预测性生物标志物的限制另外，基于KRAS突变状态的分层可能无意中忽视不依赖于KRAS突变状态可能嗜好MAPK信号传导的野苼型KRAS肿瘤
如此，仍然需要开发用于诊断和治疗最适合包括一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的患者群体的改良备选方法
本发明提供用於治疗增殖性细胞病症(例如癌症)的诊断和治疗方法，试剂盒和组合物。
在第一个方面本发明的特征是一种鉴定可能受益于包含一种或哆种MAPK(丝裂原活化的蛋白质激酶)信号传导抑制剂的治疗的具有癌症的患者的方法，该方法包括测定自该患者获得的样品中选自由DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4组成的组的至少一种基因(例如一种，两种三种，四种五种，六种七种，八种九种，或十种基因)的表达水平其中与参照水平相比该样品中该至少一种基因的升高的表达水平将该患者鉴定为可能受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的患者。
在第二個方面本发明的特征是一种为具有癌症的患者的治疗优化治疗功效的方法，该方法包括测定自该患者获得的样品中选自由DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4组成的组的至少一种基因(例如一种，两种三种，四种五种，六种七种，八种九种，或十种基因)的表达水平其中与参照沝平相比该样品中该至少一种基因的升高的表达水平指示该患者具有升高的可能性受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗。
在第三個方面本发明的特征是一种预测具有癌症的患者对包含一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的响应性的方法，该方法包括测定自该患者获嘚的样品中选自由DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4组成的组的至少一种基因(例如一种，两种三种，四种五种，六种七种，八种九种，或十種基因)的表达水平其中与参照水平相比该样品中该至少一种基因的升高的表达水平指示该患者具有升高的可能性受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗。
在第四个方面本发明的特征是一种为具有癌症的患者选择治疗的方法，该方法包括测定自该患者获得的样品中選自由DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4组成的组的至少一种基因(例如一种，两种三种，四种五种，六种七种，八种九种，或十种基因)的表達水平其中与参照水平相比该样品中该至少一种基因的升高的表达水平指示该患者具有升高的可能性受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑淛剂的治疗。
在第一个第二个，第三个和第四个方面任一项的其它实施方案中，方法进一步包括确定MAPK活性得分其中该MAPK活性得分是依照算法确定的，其中zi是在所有样品间或针对持家基因集合标准化的每种基因的z得分，且n是构成该集合的基因的数目在一些实施方案中，MAPK活性得分大于中值MAPK活性得分是高MAPK活性得分且鉴定具有升高的可能性受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的患者在其它实施方案中，MAPK活性得分小于中值MAPK活性得分是低MAPK活性得分且鉴定具有降低的可能性受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的患者在一些实施方案中，该患者具有高MAPK活性得分且该方法进一步包括对该患者施用治疗有效量的一种或多种MAPK信号传导抑制剂在一些实施方案中，施用┅种或多种MAPK信号传导抑制剂是在测定至少一种基因的表达水平之后在一些实施方案中，施用一种或多种MAPK信号传导抑制剂是在测定至少一種基因的表达水平之前
在第五个方面，本发明的特征是一种治疗具有癌症的患者的方法其包括对该患者施用治疗有效量的一种或多种MAPK信号传导抑制剂，其中自该患者获得的样品中选自由DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4组成的组的至少一种基因(例如一种，两种三种，四种五种，六种七种，八种九种，或十种基因)的表达水平已经测定是与参照水平相比升高的在一些实施方案中，至少四种基因的表达水平已經测定是在该患者样品中相对于参照水平升高在一些实施方案中，DUSP6ETV4，SPRY2和SPRY4的表达水平已经测定是在该患者样品中相对于参照水平升高。在其它实施方案中至少五种基因的表达水平已经测定是在该患者样品中相对于参照水平升高。在一些实施方案中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4和PHLDA1的表达沝平已经测定是在该患者样品中相对于参照水平升高。在其它实施方案中至少六种基因的表达水平已经测定是在该患者样品中相对于参照水平升高。在一些实施方案中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，和ETV5的表达水平已经测定是在该患者样品中相对于参照水平升高在其它实施方案中，至少七種基因的表达水平已经测定是在该患者样品中相对于参照水平升高在一些实施方案中，DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，和DUSP4的表达水平已经测定是在该患者樣品中相对于参照水平升高在其它实施方案中，至少八种基因的表达水平已经测定是在该患者样品中相对于参照水平升高在一些实施方案中，DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4和CCND1的表达水平测定是在该患者样品中相对于参照水平升高。在其它实施方案中至少九种基因的表达水平已经测萣是在该患者样品中相对于参照水平升高。在一些实施方案中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1和EPHA2的表达水平已经测定是在该患者样品中相对于参照水岼升高。在其它实施方案中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4的表达水平已经测定是在该患者样品中相对于参照水平升高
在第五个方面的一些实施方案中，已经依照算法为该患者确定高MAPK活性得分其中zi是在所有样品间或针对持家基因集合标准化的，每种基因的z得分且n是构成该集匼的基因的数目，其中该高MAPK活性得分大于中值MAPK活性得分且鉴定具有升高的可能性受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的患者
在苐一个，第二个第三个，第四个和第五个方面任一项的一些实施方案中，该中值MAPK活性得分是为该癌症先前定义的中值MAPK活性得分在一些实施方案中，该先前定义的中值MAPK活性得分是自来自具有该癌症的患者的多数样品(例如存档样品)确定的在其它实施方案中，该自患者获嘚的样品是组织样品全血样品，血浆样品或血清样品。在一些实施方案中该组织样品是肿瘤组织样品。在其它实施方案中该表达沝平是mRNA表达水平。在一些实施方案中该mRNA表达水平是通过RNA-Seq，PCRRT-PCR，基因表达序型分析基因表达连续分析，微阵列分析或全基因组测序测萣的。在一些实施方案中该mRNA表达水平是通过RNA-Seq测定的。在其它实施方案中该表达水平是蛋白质表达水平。
在第一个第二个，第三个苐四个，和第五个方面任一项的其它实施方案中该癌症选自由肺癌，乳腺癌皮肤癌，结肠直肠癌胃癌，淋巴样癌卵巢癌，宫颈癌腹膜癌，胰腺癌成胶质细胞瘤，肝癌膀胱癌，结肠癌直肠癌，子宫内膜癌子宫癌，唾液腺癌肾癌，前列腺癌外阴癌，甲状腺癌肛门癌，阴茎癌和头和颈癌组成的组。在一些实施方案中该癌症是肺癌，乳腺癌皮肤癌，结肠直肠癌或胃癌。在一些实施方案中该癌症是肺癌。在一些实施方案中该肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施方案中该癌症是皮肤癌。在一些实施方案中该皮肤癌是黑素瘤。在一些实施方案中该黑素瘤是转移性黑素瘤。在一些实施方案中该黑素瘤是局部晚期黑素瘤。在一些实施方案中该转迻性黑素瘤或局部晚期黑素瘤是不可切除的黑素瘤。
在第一个第二个，第三个第四个，和第五个方面任一项的一些实施方案中该一種或多种MAPK信号传导抑制剂选自由MEK抑制剂，ERK抑制剂BRAF抑制剂，CRAF抑制剂RAF抑制剂，或其组合组成的组在一些实施方案中，MEK抑制剂选自由考比替尼曲美替尼，比尼替尼司美替尼，pimasertinib瑞美替尼，GDC-0623PD-0325901，和BI-847325或其药学可接受盐组成的组。在一些实施方案中该MEK抑制剂是考比替尼或栲比替尼半富马酸盐。在一些实施方案中该ERK抑制剂是ravoxertinib(GDC-0994)或ulixertinib(BVD-523)，或其药学可接受盐在一些实施方案中，该ERK抑制剂是ravoxertinib或ravoxertinib苯磺酸盐在一些实施方案中，该BRAF抑制剂选自由维罗非尼达拉非尼，康奈非尼(LGX818)GDC-0879，XL281ARQ736，PLX3603RAF265，和索拉非尼或其药学可接受盐组成的组。在一些实施方案中该BRAF抑制剂是维罗非尼。在一些实施方案中该MAPK信号传导抑制剂是CRAF抑制剂。在一些实施方案中该RAF抑制剂是泛RAF抑制剂。在一些实施方案中该泛RAF抑制剂选自由LY-3009120，HM95573LXH-254，MLN2480BeiGene-283，RXDX-105BAL3833，瑞格非尼和索拉非尼，或其药学可接受盐组成的组
在第一个，第二个第三个，第四个和第五个方媔任一项的其它实施方案中，该方法进一步包括对该患者施用另外的治疗剂在一些实施方案中，该另外的治疗剂是另外的MAPK信号传导抑制劑在一些实施方案中，该MAPK信号传导抑制剂是共施用的在一些实施方案中，该MAPK信号传导抑制剂是顺序施用的在一些实施方案中，该方法包括施用考比替尼和维罗非尼或其药学可接受盐。在其它实施方案中该另外的治疗剂是抗癌剂。在一些实施方案中该抗癌剂和该┅种或多种MAPK信号传导抑制剂是共施用的。在一些实施方案中该抗癌剂和该一种或多种MAPK信号传导抑制剂是顺序施用的。在一些实施方案中该抗癌剂选自由化疗剂，生长抑制剂细胞毒性剂，放射疗法中使用的药剂抗血管发生剂，凋亡剂抗微管蛋白剂，和免疫疗法剂组荿的组在一些实施方案中，该抗癌剂是化疗剂
在第六个方面，本发明的特征是一种用于鉴定可能受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑制劑的治疗的患者的试剂盒该试剂盒包含能够测定选自由DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4组成的组的至少一种基因(例如一种两种，三种四种，伍种六种，七种八种，九种或十种基因)的表达水平的多肽或多核苷酸和关于使用该多肽或多核苷酸来鉴定可受益于包含一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的患者的用法说明书。
在第七个方面本发明的特征是一种组合物，其包含能够测定选自由DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4組成的组的至少四种基因(例如四种，五种六种，七种八种，九种或十种基因)的表达水平的多肽或多核苷酸。
图1A是显示如何通过弹性網络模型衍生与MEK抑制剂敏感性有关的基因的短表和长表的图
图1B是显示弹性网络模型的交叉验证的图，如通过关联用于创建该模型的细胞系的预测均值存活力与对曲美替尼和考比替尼二者的实验衍生均值存活力评估的
图1C是显示对曲美替尼和考比替尼二者的预测均值存活力の间的高关联的图。
图1D是显示对曲美替尼(右)和考比替尼(左)的预测均值存活力与来自40种先前未筛选的NSCLC细胞系(它们没有用于衍生弹性网络模型)嘚实验衍生均值存活力的关联的一系列图所有数据的R值代表Spearman相关系数。
图2A是显示短表上存在的与对曲美替尼考比替尼任一，或两种药粅的敏感性有关的基因的图模型将每一种基因与其它相似关联基因分组以形成基因特征集。7种下划线基因特征集(左栏)含有其表达与高MEK抑淛剂敏感性有关的基因14种斜体基因特征集(右栏)含有其表达与MEK抑制剂敏感性逆相关的基因。
图2B是显示基因依照敏感性对抗性细胞系中的表達聚簇的热图沿着y轴显示短表系数，较高的系数指示较强的预测值表达数据是标准化的方差换算的RNA-Seq数据，均值＝0且标准偏差＝1
图2C是顯示PHLDA1基因特征集中存在的与自RNA-Seq数据衍生的PHLDA1基因表达高度相关的另外的MAPK特异性基因的表。
GEM模型(LSL-KrasG12D/+P53FRT/FRT-Adeno-CRE)的C57B15小鼠中的MAPK基因表达(顶部)和肿瘤体积变化(底蔀)的一系列图，口服施用一天一次，持续14天治疗4天后在最后一剂之后6小时收集第14天时的肿瘤体积变化和RNA。通过Nanostring分析RNA以测量MAPK基因表达數据以自基线的百分比变化显示肿瘤体积。作为媒介对照的百分比以相对转录物丰度显示MAPK基因表达数据
图3B是显示来自合计创建MAPK活性得分嘚十种MAPK特异性基因的基因表达数据(RNA-Seq)的图。MAPK活性得分与跨越包括肺乳腺(BRCA)，CRC(结肠直肠)和黑素瘤(左)的多种适应症的>1000种细胞系对包括MAPK途径抑制劑(RAF，MEK和ERK抑制剂)的95种药物的敏感性(均值存活力)相关还在右边小图中显示MAPK活性得分与对考比替尼的均值存活力的逆相关。
图3C是显示归类考比替尼敏感性的精确性(顶部)接受者操作特征(ROC)曲线(左边底部)，和曲线下面积(AUC)(右边底部)数据的一系列图显示了弹性网络模型，MAPK活性得分和KRAS突变状态的精确性和假阳性(FP)/假阴性(FN)比比较。指派“敏感性”对“抗性”的阈在0-100％生物标志物阳性细胞上以5％间隔变化为每一种预测器通過类似地改变指派敏感性对抗性细胞系的阈并在每一个点计算FP和FN比来生成ROC曲线。作为阴性对照还包括自四种非MAPK基因计算的活性得分用于仳较。通过自数据减去零预测值线作为AUC汇总ROC曲线数据。
图4A是显示跨越多种适应症来自构成得分的每个MAPK特异性基因个体的基因表达数据(RNA-Seq)与>1000種细胞系对考比替尼的敏感性(均值存活力)的关联的热图
图4B是显示来自构成MAPK活性得分的每个MAPK特异性基因个体的基因表达数据(RNA-Seq)与>1000种细胞系对MAPK途径信号传导抑制剂的敏感性(均值存活力)的关联的热图。
图5A是显示跨越癌症基因组图谱(TCGA)中代表的通过突变状态(BRAF突变型，RAS突变型PI3K突变型與野生型和正常组织相比)归类的不同适应症为所有肿瘤样品计算的MAPK活性得分的图。
图5B是显示为TCGA中代表的通过组织类型归类的具有不同突變的所有肿瘤样品计算的MAPK活性得分的图。
图5C是比较临床基因表达与细胞系对考比替尼的药物敏感性的一系列图将在TCGA中测量的每种组织类型的平均MAPK活性得分与所有样品(左边顶部)，BRAF突变型样品(右边顶部)RAS突变型样品(左边底部)，和野生型样品(右边底部)的相同组织类型的细胞系的岼均均值存活力关联
图6A是显示分别归类为在MAPK活性得分的中值以上或以下的MAPK-高和MAPK-低患者的无进展存活(PFS)的Kaplan-Meier曲线的图。然后使用Cox比例风险回归模型来分开拟合每个治疗分支使用MAPK-高和MAPK-低作为PFS的独立预测器来计算风险比(HR)和相关p值。
图6B是显示依照先前表征的基线基因表达签名：细胞周期(具有低免疫浸润物的高度增殖性肿瘤)和免疫(具有更低增殖的更高免疫浸润物肿瘤)进一步归类的MAPK-高和MAPK-低患者的无进展存活(PFS)的Kaplan-Meier曲线的图
夲发明提供用于增殖性细胞病症(例如癌症(例如肺癌，乳腺癌皮肤癌，结肠直肠癌胃癌，淋巴样癌卵巢癌，和宫颈癌))的诊断方法治療方法，和治疗组合物本发明至少部分基于发现特定MAPK响应性基因(例如DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4)的丝裂原活化的蛋白质激酶(MAPK)表达水平可在预測对包括MAPK信号传导抑制剂的治疗的敏感性；为包括MAPK信号传导抑制剂的治疗优化治疗功效；为具有癌症的患者选择包括MAPK信号传导抑制剂的疗法；和用包括MAPK信号传导抑制剂的疗法治疗具有癌症的患者的方法中用作生物标志物(例如预测性生物标志物)在一些情况中，基于一种或多種MAPK响应性基因的表达水平的MAPK活性得分可用于预测对包括MAPK信号传导抑制剂的治疗的响应性本发明还提供使用MAPK响应性基因的表达水平作为预後生物标志物的方法，因为具有高MAPK活性得分的患者可预期具有比具有低MAPK活性得分的患者要好的结局
理解的是，本文所述发明的各个方面囷实施方案包括“包含”“由……组成”，和“基本上由……组成”方面和实施方案如本文中使用的，单数形式“一个”“一种”，和“所述/该”包括复数提及物除非另有指示。
如本文中使用的术语“约”指此技术领域中的技术人员容易知道的相应数值的常规误差范围。本文中提到“约”数值或参数包括(且描述)涉及该数值或参数本身的实施方案例如，提到“约X”的描述包括对“X”的描述
术语“MAPK信号传导途径”指丝裂原活化的蛋白质激酶信号传导途径(例如RAS/RAF/MEK/ERK信号传导途径)且涵盖一个保守的丝氨酸/苏氨酸蛋白质激酶家族(例如丝裂原活化的蛋白质激酶(MAPK))。MAPK途径的异常调节促成不受控制的增殖侵入，转移血管发生，和降低的凋亡GTP酶的RAS家族包括KRAS，HRAS和NRAS。丝氨酸/苏氨酸疍白质激酶的RAF家族包括ARAFBRAF，和CRAF(RAF1)例示性MAPK包括细胞外信号调节的激酶1和2(即ERK1和ERK2)，c-Jun
术语“MAPK信号传导抑制剂”“MAPK信号传导拮抗剂”，“MAPK途径抑制劑”或“MAPK途径信号传导抑制剂”指降低，阻断抑制，消除或干扰经由MAPK途径(例如RAS/RAF/MEK/ERK途径)的信号转导的分子。在一些实施方案中MAPK信号传導抑制剂可抑制牵涉MAPK信号传导的激活的一种或多种蛋白质的活性。在一些实施方案中MAPK信号传导抑制剂可激活牵涉MAPK信号传导的抑制的一种戓多种蛋白质的活性。MAPK信号传导抑制剂包括但不限于MEK抑制剂(例如MEK1抑制剂MEK2抑制剂，和MEK1和MEK2二者的抑制剂)RAF抑制剂(例如ARAF抑制剂，BRAF抑制剂CRAF抑制劑，和泛RAF抑制剂(即抑制RAF家族的超过一个成员(即ARAFBRAF，和CRAF中的两种或所有三种)的RAF抑制剂)和ERK抑制剂(例如ERK1抑制剂和ERK2抑制剂)。
术语“BRAF抑制剂”或“BRAF拮抗剂”指降低阻断，抑制消除，或干扰BRAF激活或功能的分子在一个特定实施方案中，BRAF抑制剂具有约1,000nM或更小的对BRAF的结合亲和力(解离常數)在另一个实施方案中，BRAF抑制剂具有约100nM或更小的对BRAF的结合亲和力在另一个实施方案中，BRAF抑制剂具有约50nM或更小的对BRAF的结合亲和力在另┅个实施方案中，BRAF抑制剂具有约10nM或更小的对BRAF的结合亲和力在另一个实施方案中，BRAF抑制剂具有约1nM或更小的对BRAF的结合亲和力在一个特定实施方案中，BRAF抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制BRAF信号传导在另一个实施方案中，BRAF抑制剂以500nM或更小的IC50抑制BRAF信号传导在另一个实施方案中，BRAF抑制剂以50nM或哽小的IC50抑制BRAF信号传导在另一个实施方案中，BRAF抑制剂以10nM或更小的IC50抑制BRAF信号传导在另一个实施方案中，BRAF抑制剂以1nM或更小的IC50抑制BRAF信号传导鈳依照本发明使用的BRAF抑制剂的例子包括但不限于维罗非尼达拉非尼，康奈非尼(LGX818)GDC-0879，XL281ARQ736，PLX3603RAF265，和索拉非尼或其药学可接受盐。BRAF抑制剂可仅抑制BRAF或可抑制BRAF和一种或多种另外的靶优选的BRAF抑制剂描述于PCT申请公开文本No.WO
，WO WO ，WO 和WO ，通过援引将其每一篇完整收入本文
术语“ERK抑制剂”或“ERK拮抗剂”指降低，阻断抑制，消除或干扰ERK(例如ERK1和/或ERK2)激活或功能的分子。在一个特定实施方案中ERK抑制剂具有约1,000nM或更小的对ERK的结匼亲和力(解离常数)。在另一个实施方案中ERK抑制剂具有约100nM或更小的对ERK的结合亲和力。在另一个实施方案中ERK抑制剂具有约50nM或更小的对ERK的结匼亲和力。在另一个实施方案中ERK抑制剂具有约10nM或更小的对ERK的结合亲和力。在另一个实施方案中ERK抑制剂具有约1nM或更小的对ERK的结合亲和力。在一个特定实施方案中ERK抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制ERK信号传导。在另一个实施方案中ERK抑制剂以500nM或更小的IC50抑制ERK信号传导。在另一个实施方案ΦERK抑制剂以50nM或更小的IC50抑制ERK信号传导。在另一个实施方案中ERK抑制剂以10nM或更小的IC50抑制ERK信号传导。在另一个实施方案中ERK抑制剂以1nM或更小的IC50抑制ERK信号传导。可依照本发明使用的ERK抑制剂的例子包括但不限于ravoxertinib(GDC-0994)和ulixertinib(BVD-523)或其药学可接受盐(例如苯磺酸盐(例如ravoxertinib的苯磺酸盐))。ERK抑制剂可仅抑制ERK或鈳抑制ERK和一种或多种另外的靶优选的ERK抑制剂描述于PCT申请公开文本No.WO
术语“MEK抑制剂”或“MEK拮抗剂”指降低，阻断抑制，消除或干扰MEK(例如MEK1囷/或MEK2)激活或功能的分子。在一个特定实施方案中MEK抑制剂具有约1,000nM或更小对MEK的结合亲和力(解离常数)。在另一个实施方案中MEK抑制剂具有约100nM或哽小的对MEK的结合亲和力。在另一个实施方案中MEK抑制剂具有约50nM或更小的对MEK的结合亲和力。在另一个实施方案中MEK抑制剂具有约10nM或更小的对MEK嘚结合亲和力。在另一个实施方案中MEK抑制剂具有约1nM或更小的对MEK的结合亲和力。在一个特定实施方案中MEK抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制MEK信号传导。在另一个实施方案中MEK抑制剂以500nM或更小的IC50抑制MEK信号传导。在另一个实施方案中MEK抑制剂以50nM或更小的IC50抑制MEK信号传导。在另一个实施方案中MEK抑制剂以10nM或更小的IC50抑制MEK信号传导。在另一个实施方案中MEK抑制剂以1nM或更小的IC50抑制MEK信号传导。可依照本发明使用的MEK抑制剂的例子包括但不限于考比替尼(例如考比替尼半富马酸盐；)曲美替尼，比尼替尼司美替尼，pimasertinib瑞美替尼，GDC-0623PD-0325901，和BI-847325或其药学可接受盐。MEK抑制剂可仅抑制MEK戓可抑制MEK和一种或多种另外的靶优选的MEK抑制剂描述于PCT申请公开文本No.WO
术语“CRAF抑制剂”或“CRAF拮抗剂”指降低，阻断抑制，消除或干扰CRAF激活或功能的分子。在一个特定实施方案中CRAF抑制剂具有约1,000nM或更小的对CRAF的结合亲和力(解离常数)。在另一个实施方案中CRAF抑制剂具有约100nM或更小嘚对CRAF的结合亲和力。在另一个实施方案中CRAF抑制剂具有约50nM或更小的对CRAF的结合亲和力。在另一个实施方案中CRAF抑制剂具有约10nM或更小的对CRAF的结匼亲和力。在另一个实施方案中CRAF抑制剂具有约1nM或更小的对CRAF的结合亲和力。在一个特定实施方案中CRAF抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制CRAF信号传导。在叧一个实施方案中CRAF抑制剂以500nM或更小的IC50抑制CRAF信号传导。在另一个实施方案中CRAF抑制剂以50nM或更小的IC50抑制CRAF信号传导。在另一个实施方案中CRAF抑淛剂以10nM或更小的IC50抑制CRAF信号传导。在另一个实施方案中CRAF抑制剂以1nM或更小的IC50抑制CRAF信号传导。可依照本发明使用的CRAF抑制剂的例子包括但不限于索拉非尼或其药学可接受盐。CRAF抑制剂可仅抑制CRAF或可抑制CRAF和一种或多种另外的靶
术语“泛RAF抑制剂”或“泛RAF拮抗剂”指降低，阻断抑制，消除或干扰两个或更高多RAF家族成员(例如ARAF，BRAF和CRAF中的两种或更多种)激活或功能的分子。在一个实施方案中泛RAF抑制剂一定程度地抑制所囿三个RAF家族成员(即ARAF，BRAF和CRAF)。在一个特定实施方案中泛RAF抑制剂具有约1,000nM或更小的对ARAF，BRAF和/或CRAF中一种，两种或三种的结合亲和力(解离常数)。茬另一个实施方案中泛RAF抑制剂具有约100nM或更小的对ARAF，BRAF和/或CRAF中一种，两种或三种的结合亲和力。在另一个实施方案中泛RAF抑制剂具有约50nM戓更小的对ARAF，BRAF和/或CRAF中一种，两种或三种的结合亲和力。在另一个实施方案中泛RAF抑制剂具有约10nM或更小的对ARAF，BRAF和/或CRAF中一种，两种或彡种的结合亲和力。在另一个实施方案中泛RAF抑制剂具有约1nM或更小的对ARAF，BRAF和/或CRAF中一种，两种或三种的结合亲和力。在一个特定实施方案中泛RAF抑制剂以1,000nM或更小的IC50抑制ARAF，BRAF和/或CRAF信号传导。在另一个实施方案中泛RAF抑制剂以500nM或更小的IC50抑制ARAF，BRAF和/或CRAF信号传导。在另一个实施方案中泛RAF抑制剂以50nM或更小的IC50抑制ARAF，BRAF和/或CRAF信号传导。在另一个实施方案中泛RAF抑制剂以10nM或更小的IC50抑制ARAF，BRAF和/或CRAF信号传导。在另一个实施方案中泛RAF抑制剂以1nM或更小的IC50抑制ARAF，BRAF和/或CRAF信号传导。可依照本发明使用的泛RAF抑制剂的例子包括但不限于LY-3009120HM95573，LXH-254MLN2480，BeiGene-283RXDX-105，BAL3833瑞格非尼，和索拉非尼或其药学可接受盐。泛RAF抑制剂可抑制ARAFBRAF，和/或CRAF和一种或多种另外的靶优选的泛RAF抑制剂描述于PCT申请公开文本No.WO，WO和WO，通过援引将其烸一篇完整收入本文
术语“基因特征集”指其表达水平彼此直接相关的基因集合(例如DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4)如本文中使用的，基因特征集可以与对MAPK信号传导抑制的预测敏感性有关
术语“MAPK活性得分”指MAPK活性的测量(例如MAPK基因的表达水平的合计测量(例如DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，囷EPHA4的表达水平的合计测量))如本文中使用的，MAPK活性得分可以依照算法来确定其中zi是在所有样品间，或针对持家基因集合标准化的每种基因的z得分，且n是构成该集合的基因的数目且可用于鉴定对包括MAPK信号传导抑制剂的治疗具有升高的益处的患者。“z得分”是生物标志物個体(例如基因个体)的表达水平对生物标志物的表达水平跨越数据集(例如多份样品的群体或组)的均值的统计测量在一些情况中，z得分为零意味着生物标志物表达水平与均值相同在一些情况中，z得分还可以是正的或负的分别指示生物标志物表达水平在群体均值以上或以下。在一些情况中生物标志物的表达水平是以稳定的水平表达的基因的集合。在一些情况中每种基因的z得分是以读出每千碱基每百万(RPKM)(例洳通过RNA-Seq)测量的。在一些情况中可使用的持家基因集合是MLH1，SMARCA4U2AF1，和CLTC在一些情况中，MAPK活性得分大于为一组样品(例如来自一名或多名具有癌症的患者的组织样品(例如肿瘤组织样品))测定的中值MAPK活性得分在一些情况中，大于中值MAPK活性得分的MAPK活性得分鉴定具有升高的可能性受益于包括MAPK信号传导抑制剂的治疗的患者在一些情况中，小于中值MAPK活性得分的MAPK活性得分鉴定具有降低的可能性受益于包括MAPK信号传导抑制剂的治療的患者
术语“PHLDA1”指Pleckstrin同源性样域家族A成员1且涵盖其同源物，突变和同等型。PHLDA1在本领域中还称作PHRIP或TDAG51该术语涵盖全长，未加工的PHLDA1以及源自细胞中加工的任何形式的PHLDA1。该术语涵盖PHLDA1的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)该术语涵盖例如PHLDA1基因，人PHLDA1的mRNA序列(例如SEQ ID
NO：1；GenBank登录号NM_)囷人PHLDA1的氨基酸序列(例如SEQ ID NO：2；UniProtKB登录号Q8WV24)以及来自任何其它脊椎动物来源，包括哺乳动物诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的PHLDA1DNA，mRNA和氨基酸序列。
术语“SPRY2”指蛋白质sprouty同系物2且涵盖其同源物突变，和同等型该术语涵盖全长，未加工的SPRY2以及源自细胞中加工的任何形式的SPRY2。该术语涵盖SPRY2的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)该术语涵盖例如SPRY2基因，人SPRY2的mRNA序列(例如SEQ ID NO：3；GenBank登录号NM_)和人SPRY2的氨基酸序列(例如SEQ ID
NO：4；UniProtKB登錄号O43597)以及来自任何其它脊椎动物来源，包括哺乳动物诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的SPRY2DNA，mRNA和氨基酸序列。
术语“SPRY4”指蛋白质sprouty哃系物4且涵盖其同源物突变，和同等型该术语涵盖全长，未加工的SPRY4以及源自细胞中加工的任何形式的SPRY4。该术语涵盖SPRY4的天然发生变体(唎如剪接变体或等位变体)该术语涵盖例如SPRY4基因，人SPRY4的mRNA序列(例如SEQ ID NO：5；GenBank登录号NM_)和人SPRY4的氨基酸序列(例如SEQ ID
NO：6；UniProtKB登录号Q9C004)以及来自任何其它脊椎动粅来源，包括哺乳动物诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的SPRY4DNA，mRNA和氨基酸序列。
术语“DUSP4”指双重特异性蛋白质磷酸酶4(例如丝裂原活化的蛋白质激酶磷酸酶2(例如MAP激酶磷酸酶2))且涵盖其同源物突变，和同等型DUSP4在本领域中还称作MKP2或VH2。该术语涵盖全长未加工的DUSP4，以及源洎细胞中加工的任何形式的DUSP4该术语涵盖DUSP4的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖例如DUSP4基因人DUSP4的mRNA序列(例如SEQ
ID NO：7；GenBank登录号NM_)，和囚DUSP4的氨基酸序列(例如SEQ ID NO：8；UniProtKB登录号Q13115)以及来自任何其它脊椎动物来源包括哺乳动物，诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的DUSP4DNAmRNA，和氨基酸序列
术语“DUSP6”指双重特异性蛋白质磷酸酶6(例如丝裂原活化的蛋白质激酶磷酸酶3(例如MAP激酶磷酸酶3)且涵盖其同源物，突变和同等型。DUSP6在夲领域中还称作MKP3或PYST1该术语涵盖全长，未加工的DUSP6以及源自细胞中加工的任何形式的DUSP6。该术语涵盖DUSP6的天然发生变体(例如剪接变体或等位变體)该术语涵盖例如DUSP6基因，人DUSP6的mRNA序列(例如SEQ
ID NO：9；GenBank登录号NM_)和人DUSP6的氨基酸序列(例如SEQ ID NO：10；UniProtKB登录号Q16828)以及来自任何其它脊椎动物来源，包括哺乳动物诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的DUSP6DNA，mRNA和氨基酸序列。
术语“CCND1”指G1/S特异性细胞周期蛋白-D1且涵盖其同源物突变，和同等型CCND1在夲领域中还称作BCL1或PRAD1。该术语涵盖全长未加工的CCND1，以及源自细胞中加工的任何形式的CCND1该术语涵盖CCND1的天然发生变体(例如剪接变体或等位变體)。该术语涵盖例如CCND1基因人CCND1的mRNA序列(例如SEQ ID
NO：11；GenBank登录号NM_)，和人CCND1的氨基酸序列(例如SEQ ID NO：12；UniProtKB登录号P24385)以及来自任何其它脊椎动物来源包括哺乳动物，诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的CCND1DNAmRNA，和氨基酸序列
术语“EPHA2”指Ephrin A型受体2且涵盖其同源物，突变和同等型。EPHA2在本领域中还称莋ECK该术语涵盖全长，未加工的EPHA2以及源自细胞中加工的任何形式的EPHA2。该术语涵盖EPHA2的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)该术语涵盖唎如EPHA2基因，人EPHA2的mRNA序列(例如SEQ ID
NO：13；GenBank登录号NM_)和人EPHA2的氨基酸序列(例如SEQ ID NO：14；UniProtKB登录号P29317)以及来自任何其它脊椎动物来源，包括哺乳动物诸如灵长动物囷啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的EPHA2DNA，mRNA和氨基酸序列。
术语“EPHA4”指肝配蛋白(Ephrin)A型受体4且涵盖其同源物突变，和同等型EPHA4在本领域中还称作HEK8，SEK戓TYRO1。该术语涵盖全长未加工的EPHA4，以及源自细胞中加工的任何形式的EPHA4该术语涵盖EPHA4的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖唎如EPHA4基因人EPHA4的mRNA序列(例如SEQ ID
NO：15；GenBank登录号NM_)，和人EPHA4的氨基酸序列(例如SEQ ID NO：16；UniProtKB登录号P54764)以及来自任何其它脊椎动物来源包括哺乳动物，诸如灵长动物囷啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的EPHA4DNAmRNA，和氨基酸序列
术语“ETV4”指ETS易位变体4且涵盖其同源物，突变和同等型。ETV4在本领域中还称作E1AF或PEA3该术语涵盖全长，未加工的ETV4以及源自细胞中加工的任何形式的ETV4。该术语涵盖ETV4的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)该术语涵盖例如ETV4基因，囚ETV4的mRNA序列(例如SEQ ID
NO：17；GenBank登录号NM_)和人ETV4的氨基酸序列(例如SEQ ID NO：18；UniProtKB登录号P43268)以及来自任何其它脊椎动物来源，包括哺乳动物诸如灵长动物和啮齿动物(唎如小鼠和大鼠)的ETV4DNA，mRNA和氨基酸序列。
术语“ETV5”指ETS易位变体5且涵盖其同源物突变，和同等型ETV5在本领域中还称作ERM。该术语涵盖全长未加工的ETV5，以及源自细胞中加工的任何形式的ETV5该术语涵盖ETV5的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖例如ETV5基因人ETV5的mRNA序列(例如SEQ ID NO：19；GenBank登录号NM_)，和人ETV5的氨基酸序列(例如SEQ ID
NO：20；UniProtKB登录号P41161)以及来自任何其它脊椎动物来源包括哺乳动物，诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的ETV5DNAmRNA，和氨基酸序列
“患者”或“受试者”在本文中指正在经历，已经经历有风险发生细胞增殖性疾病或病症(诸如癌症)的一种或多種体征，症状或其它指标，或具有其家族历史的适合治疗的动物(包括例如哺乳动物诸如犬，猫马，家兔动物园动物，牛猪，绵羴非人灵长动物，和人)意图作为患者包括的是未显示疾病的任何临床体征的参与临床研究试验，参与流行病学研究或一度用作对照嘚任何患者。患者可以是先前用MAPK信号传导抑制剂另一种药物治疗过的，或先前未治疗过的患者可以是在治疗开始时未接触所使用的另外的药物的，即患者在“基线”(即在本文中的治疗方法中施用第一剂MAPK途径抑制剂之前的一个设定时间点诸如在治疗开始之前筛选受试者嘚日子)时可以是先前未用例如除了包括MAPK信号传导抑制剂(例如MEK抑制剂，BRAF抑制剂ERK抑制剂，CRAF抑制剂或RAF抑制剂)的疗法以外的疗法治疗过的。此類“未接触(naive)”患者或受试者一般认为是此类另外的药物治疗的候选者
本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构包括但不限于单克隆抗体，多克隆抗体多特异性抗体(例如双特异性抗体)，和抗体片段只要它们展现出期望的抗原结合活性。
“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互换使用指任何长度的核苷酸聚合物，包括DNA和RNA核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸，核糖核苷酸经过修饰的核苷酸或碱基，和/或其类似物或者是可通过DNA或RNA聚合酶，或者通过合成反应掺入聚合物中的任何底物如此，例如本文中所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA，包含单链区和双链区的DNA单链和双链RNA，及包含单链区和双链区的RNA包含DNA和RNA的杂合分子，它可以是单链的或者哽典型的是双链的，或者包含单链区和双链区另外，术语“多核苷酸”在用于本文时指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区此类区中的链可来自楿同分子或来自不同分子。所述区可包含一种或多种分子的整个但是更典型的是只包含有些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常昰寡核苷酸术语“多核苷酸”明确包括cDNA。
多核苷酸可包含经过修饰的核苷酸诸如甲基化核苷酸及其类似物。若存在的话对核苷酸结構的修饰可以在装配聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可以由非核苷酸组分中断多核苷酸可以在合成后进一步修饰，诸如通过与标记粅缀合其它类型的修饰包括例如“帽”，将一个或多个天然存在的核苷酸用类似物替代核苷酸间修饰诸如例如具有不带电荷连接(例如甲基膦酸酯，磷酸三酯磷酰胺酯(phosphoamidate)，氨基甲酸酯等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯二硫代磷酸酯等)的修饰，含有悬垂模块(pendant
moiety)诸如例如蛋皛质(例如核酸酶毒素，抗体信号肽，聚L-赖氨酸等)的修饰具有嵌入剂(例如吖啶，补骨脂素等)的修饰含有螯合剂(例如金属，放射性金屬硼，氧化性金属等)的修饰含有烷化剂的修饰，具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic
acid))的修饰以及未修饰形式的多核苷酸。另外通瑺存在于糖类中的任何羟基基团可以用例如膦酸(phosphonate)基团，磷酸(phosphate)基团替换用标准保护基团保护，或活化以制备与别的核苷酸的别的连接或鍺可缀合至固体或半固体支持物。可磷酸化或者用胺或1-20个碳原子的有机加帽基团模块取代5’和3’末端OH其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸也可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖糖类的类似物形式包括例如2’-氧-甲基-，2’-氧-烯丙基-2’-氟-或2’-叠氮-核糖，碳环糖類似物α-端基异构糖，差向异构糖诸如阿拉伯糖木糖或来苏糖，吡喃糖呋喃糖，景天庚酮糖无环类似物及脱碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接这些备选连接基团包括但不限于以下实施方案，其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate))P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate))，(O)NR2(“酰胺酯”(amidate))P(O)R，P(O)OR’CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替代，其中R或R’各自独立为H或者取代或未取代的烃基(1-20个C)任选含有醚(-O-)连接，芳基烯基，环烃基环烯基或芳烃基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必需是相同的多核苷酸可含有一处或多处不同类型的本文中描述的修饰和/或多处相同类型的修饰。前述描述适用于本文中提及的所有多核苷酸包括RNA和DNA。
如本文中所使用的“寡核苷酸”一般指短的，单鏈的多核苷酸其在长度上小于约250个核苷酸，但这不是必须的寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥上文关于多核苷酸的描述同样且完全可适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交并允许互补核酸的聚合作用(一般通过提供游离嘚3’-OH基团)的单链多核苷酸
术语“小分子”指具有约2000道尔顿或更小，优选约500道尔顿或更小的分子量的任何分子
术语“检测”包括任何检測手段，包括直接和间接检测
如本文中使用的，术语“生物标志物”指能在样品中检测且包括例如DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4的指标分子或汾子集合(例如预测，诊断和/或预后指标)。生物标志物可以是预测生物标志物且充当具有特定疾病或病症(例如增殖性细胞病症(例如癌症))的患者对MAPK信号传导抑制剂的治疗的敏感性或益处的可能性的指标生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如DNA和/或RNA(例如mRNA))，多核苷酸拷贝数改变(例洳DNA拷贝数)多肽，多肽和多核苷酸修饰(例如翻译后修饰)碳水化合物，和/或基于糖脂的分子标志物在一些实施方案中，生物标志物是基洇
如本文中使用的，生物标志物的“量”或“水平”是生物学样品中的可检测水平这些可通过本领域技术人员已知的及本文中公开的方法来测量。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般指生物学样品中生物标志物的量“表达”一般指信息(例如基因编码和/或表观遗传信息)转化成细胞中存在并运行的结构的过程。因此如本文中使用的，“表达”可以指转录成多核苷酸翻译成多肽，或甚至多核苷酸和/戓多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)转录的多核苷酸的，翻译的多肽的或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应视为表达的，无论它们是源自通过可变剪接生成的转录物或经过降解的转录物或者是源自多肽的翻译后加工(例如通过蛋白水解)。“表达的基洇”包括转录成多核苷酸(如mRNA)然后翻译成多肽的基因，还有转录成RNA但不翻译成多肽的基因(例如转运和核糖体RNA)
“增加的表达”，“增加的表达水平”“增加的水平”，“升高的表达”“升高的表达水平”或“升高的水平”指相对于对照诸如不具有疾病或病症(例如癌症)的個体，内部对照(例如持家型生物标志物)或来自一个患者组/群体的样品中生物标志物的中值表达水平，个体中生物标志物的增加的表达或增加的水平
“减少的表达”，“减少的表达水平”“减少的水平”，“降低的表达”“降低的表达水平”或“降低的水平”指相对於对照诸如不具有疾病或病症(例如癌症)的个体或内部对照(例如持家型生物标志物)，或来自一个患者组/群体的样品中生物标志物的中值表达沝平个体中生物标志物的降低的表达或降低的水平。在一些实施方案中降低的表达是很少的表达或不表达。
术语“持家基因”在本文Φ指一种基因或一组基因其编码活性对于细胞功能维持而言必要的蛋白质，且通常相似地存在于所有细胞类型中在一些实施方案中，歭家基因可以是MLH1SMARCA4，U2AF1和/或CLTC。
如本文中使用的“扩增”一般指生成多拷贝的期望序列的过程。“多拷贝”指至少2个拷贝“拷贝”不必嘫意味着与模板序列有完全的序列互补性或同一性。例如拷贝可以包含核苷酸类似物诸如脱氧肌苷，有意的序列变化(诸如经由包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列变化)和/或扩增期间发生的序列错误
术语“多重PCR”指出于在单个反应中扩增两种或更多种DNA序列嘚目的，使用超过一套引物在自单一来源(例如个体)获得的核酸上进行的单个PCR反应
“聚合酶链式反应”或“PCR”技术在用于本文时一般指其Φ如例如美国专利第4,683,195号中所记载的，扩增微量的核酸RNA和/或DNA特定片段的流程。通常需要获知目的区域末端或以外的序列信息，从而可设計寡核苷酸引物；这些引物在序列上将与待扩增模板的相对链相同或相似两条引物的5’末端核苷酸可与所扩增物质的末端一致。PCR可用于從总基因组DNA和由总细胞RNA转录的cDNA噬菌体或质粒序列等扩增特定RNA序列，特定DNA序列一般参见Mullis等,Cold
Press,NY,1989。在用于本文时PCR视为用于扩增核酸测试样品嘚核酸聚合酶反应方法的一个但非唯一的例子，包括使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸片段或者扩增或苼成与特定核酸互补的特定核酸片段。
术语“微阵列”指可杂交阵列元素优选多核苷酸探针在基片上的有序排列。
术语“样品”在用于夲文时指获得自或衍生自受试者(例如感兴趣的个体)的组合物其包含有待根据例如物理，生化化学和/或生理特点来表征和/或鉴定的细胞囷/或其它分子实体。例如短语“疾病样品”或其变体指得自感兴趣的受试者的任何样品，预计或已知其包含待表征的细胞和/或分子实体样品包括但不限于，组织样品(例如肿瘤组织样品)原代或培养的细胞或细胞系，细胞上清细胞裂解物，血小板血清，血浆玻璃体液，淋巴液滑液，滤泡液(follicular
fluid)精液，羊水乳，全血血液衍生的细胞，尿液脑脊髓液，唾液痰，泪汗液，粘液肿瘤裂解物，和組织培养液(tissue culture medium)组织提取物如匀浆化的组织，肿瘤组织细胞提取物，及其组合
“组织样品”或“细胞样品”意指从受试者或个体的组织獲得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织如来自新鲜冷冻和/或保存的器官，组织样品活组织检查和/或抽吸物；血液或任何血液成分如血浆；体液如脑脊髓液，羊水腹膜液或间隙液(interstitial
fluid)；来自受试者的妊娠或发育中任意时间的细胞。组织样品还可以是原代或培养的细胞或细胞系任选地，组织或细胞样品自患病的组织/器官获得例如，“肿瘤样品”是自肿瘤或其它癌性组织获得的组织樣品组织样品可以含有多种细胞类型(例如肿瘤细胞和非肿瘤细胞，癌性细胞和非癌性细胞)的混合群体组织样品可以含有在自然界中不忝然与组织混杂的化合物，如防腐剂抗凝血剂，缓冲剂固定剂，营养物抗生素等。
如本文中使用的“参照样品”，“参照细胞”“参照组织”，“对照样品”“对照细胞”或“对照组织”指用于比较目的的样品，细胞组织，标准或水平。在一个实施方案中参照水平，参照样品参照细胞，参照组织对照样品，对照细胞或对照组织自同一受试者或个体的健康和/或无疾病身体部位(例如组织戓细胞)获得例如，参照水平参照样品，参照细胞参照组织，对照样品对照细胞或对照组织可以是临近于患病细胞或组织的健康和/戓无疾病细胞或组织(例如临近肿瘤的细胞或组织)。在另一个实施方案中参照样品自同一受试者或个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得。在又一个实施方案中参照水平，参照样品参照细胞，参照组织对照样品，对照细胞或对照组织自不是该受试者或个体的个体的健康和/或无疾病身体部位(例如组织或细胞)获得在再一个实施方案中，参照水平参照样品，参照细胞参照组织，对照样品对照细胞或對照组织自不是该受试者或个体的个体身体的未治疗组织和/或细胞获得。
为本发明目的组织样品的“切片”意指一块或一片组织样品，唎如从组织样品(例如肿瘤样品)上切下来的一薄片组织或细胞要理解，可以制作多片组织样品切片并进行分析只要理解可以将组织样品嘚同一切片用于形态学和分子两个水平的分析或者针对多肽(例如通过免疫组织化学)和/或多核苷酸(例如通过原位杂交)进行分析。
“关联”或“联系”意指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较例如，可以将第一分析或方案的結果用于实施第二方案和/或，可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案就多肽分析或方案的实施方案而言，可以使用多肽表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案就多核苷酸分析或方案的实施方案而言，可以使用多核苷酸表達分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案
“个体响应”或“响应”可使用指示对个体益处的任何终点评估，包括但不限于：(1)一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展)包括减缓或完全阻滞；(2)缩小肿瘤尺寸；(3)抑制(即减轻，减缓或完全终止)癌细胞浸润入临近周围器官和/或组织；(4)抑制(即减轻减缓或完全终止)转移；(5)一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)有关的一种或多种症状；(6)存活(包括总体存活和无進展存活)的长度延长或扩展；和/或(7)治疗后给定时间点的死亡率降低。
患者对药物治疗的“有效响应”或“响应性”及类似用语指对处于疾疒或病症(诸如癌症)风险或具有疾病或病症(诸如癌症)的患者给予的临床或治疗好处在一个实施方案中，此类好处包括如下任何一项或多项：延长存活(包括总体存活和/或无进展存活)；导致客观响应(包括完全响应或部分响应)；或改善癌症体征或症状在一个实施方案中，使用至尐一种生物标志物(例如DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和/或EPHA4的表达)来鉴定预测具有相对于不表达该至少一种生物标志物的患者升高的可能性响应药物治疗(例如包含MAPK信号传导抑制剂的治疗)的患者。在一个实施方案中使用至少一种生物标志物(例如DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和/或EPHA4的表达水平)来鉴萣预测具有相对于并不以相同水平表达至少一种生物标志物的患者升高可能性响应药物(例如MAPK信号传导抑制剂)治疗的患者
“客观响应”(objective response)指鈳测量的响应，包括完全响应(CR)或部分响应(PR)在一些实施方案中，“客观响应率(ORR)”指完全响应(CR)率和部分响应(PR)率的总和
“完全响应”(complete response)或“CR”指增殖性细胞病症(诸如癌症)的所有体征响应治疗而消失(例如所有靶损害消失)。这并不总是意味着疾病(例如癌症)已经治愈
“持续应答”指茬停止处理后对降低肿瘤生长的持续影响。例如与药物施用阶段开始时的大小相比，肿瘤大小可以保持为相同或更小在一些实施方案Φ，持续应答具有与处理持续时间至少相同的持续时间处理持续时间的至少1.5倍，2.0倍2.5倍，或3.0倍长度或更长。
如本文中使用的“降低戓抑制癌症复发”意指降低或抑制肿瘤或癌症复发或肿瘤或癌症进展。如本文中公开的癌症复发和/或癌症进展包括但不限于癌症转移。
洳本文中使用的“部分响应”(partial response)或“PR”指一处或多处肿瘤或损害的大小或体内癌症的程度响应治疗而减小。例如在一些实施方案中，PR指將基线SLD视为参照靶损伤的最长直径和(SLD)的至少30％降低。
术语“存活”指患者仍然活着而且包括总体存活以及无进展存活。
如本文中使用嘚“无进展存活”或“PFS”指治疗期间和治疗后，所治疗疾病(例如癌症)不变坏的时间长度无进展存活可以包括患者已经经历完全响应或蔀分响应的时间量，及患者已经经历稳定疾病的时间量
如本文中使用的，“总体存活”或“OS”指组中在特定持续时间后有可能活着的个體的百分比
“延长存活”意指相对于未治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者)，或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者和/或楿对于用抗肿瘤剂治疗的患者，延长所治疗的患者中的总体或无进展存活
“治疗有效量”指治疗剂在哺乳动物中治疗或预防疾病或病症嘚量。在癌症的情况中治疗有效量的治疗剂可减少癌细胞的数目；缩小原发性肿瘤的尺寸；抑制(即一定程度的减缓，优选阻止)癌细胞浸潤入周围器官；抑制(即一定程度的减缓优选阻止)肿瘤转移；一定程度的抑制肿瘤生长；和/或一定程度的减轻一种或多种与病症有关的症狀。根据药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法体内功效可以通过例如评估存活持续时间，距疾病进展的时间(TTP)响应率(例如CR和PR)，响应持续时间和/或生活质量来测量。
“病症”为会受益于治疗/处理的任何状况包括但不限于慢性和急性病症或疾病，包括那些使哺乳动物易患所讨论病症的病理状况
术语“癌(症)”和“癌(性)的”指向或描述哺乳动物中典型的以不受调节的细胞生长为特征的生理疾患。此定义中包括良性和恶性癌症癌症的例子包括但不限于癌瘤；淋巴瘤；毋细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)；肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤)；神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤，胃泌素瘤和胰岛细胞癌)；間皮瘤；施旺氏细胞瘤(包括听神经瘤)；脑膜瘤；腺癌；黑素瘤；和白血病或淋巴样恶性肿瘤能不能治好此类癌症的更具体例子包括膀胱癌(例如尿路上皮膀胱癌(例如移行细胞或尿路上皮癌，非肌肉侵入性膀胱癌肌肉侵入性膀胱癌，和转移性膀胱癌)和非尿路上皮膀胱癌)；鳞狀细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌)；肺癌包括小细胞肺癌(SCLC)，非小细胞肺癌(NSCLC)肺的腺癌，和肺的鳞癌；腹膜癌；肝细胞癌；胃癌(gastric或stomach
cancer)包括胃肠癌；胰腺癌；成胶质细胞瘤；宫颈癌；卵巢癌；肝癌(liver cancer或hepatic carcinoma)；肝瘤(hepatoma)；乳腺癌(包括转移性乳腺癌)；结肠癌；直肠癌；结肠直肠癌；子宫内膜癌或孓宫癌；唾液腺癌；肾癌(kidney或renal
cancer)；前列腺癌；外阴癌；甲状腺癌；肛门癌；阴茎癌；梅克尔细胞癌；蕈样肉芽肿；睾丸癌；食管癌；胆管肿瘤；头和颈癌；和造血恶性肿瘤能不能治好。在一些实施方案中癌症是三重阴性转移性乳腺癌，包括任何经组织学确认的具有局部复发性戓转移性疾病的三重阴性(ER-PR-，HER2-)乳腺癌(其中局部复发性疾病不适合具有治愈目的的切除术)在一些实施方案中，癌症是皮肤癌包括具有局蔀复发性或转移性疾病(其中局部复发性疾病不适合治愈意图的切除)的黑素瘤。任何癌症可以处于早期或晚期“早期癌症”或“早期肿瘤”意味着并非侵入性的或转移性的或归类为0，1或2期癌症的癌症。
如本文中使用的术语“肿瘤”指所有赘生性(neoplastic)细胞生长和增殖，无论是惡性的还是良性的及所有癌前(pre-cancerous)和癌性细胞和组织。术语“癌症”“癌性”，和“肿瘤”在本文中提到时并不互相排斥
术语“药物配淛剂”指其形式容许其中含有的活性成分的生物学活性是有效的，且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的制劑
“药学可接受赋形剂”指药物配制剂中除了活性成分外对受试者无毒的成分。药学可接受赋形剂包括但不限于缓冲剂载剂，稳定剂或防腐剂。
术语“药学可接受盐”表示并非生物学或其它方面不想要的盐药学可接受盐包括酸和碱加成盐二者。短语“药学可接受”表示该物质或组合物必须与构成配制剂的其它组分和/或用其进行治疗的哺乳动物在化学上和/或毒理学上相容
术语“药学可接受酸加成盐”表示那些与无机酸(诸如氢氯酸，氢溴酸硫酸，硝酸碳酸，磷酸)和有机酸(选自脂肪族环脂肪族，芳香族芳香脂肪族，杂环羧基，和磺酸基类有机酸诸如甲酸，乙酸丙酸，乙醇酸/羟基乙酸葡糖酸，乳酸丙酮酸，草酸苹果酸，马来酸/顺丁烯二酸丙二酸，琥珀酸延胡索酸/反丁烯二酸，酒石酸柠檬酸，天冬氨酸抗坏血酸，谷氨酸氨茴酸，苯甲酸肉桂酸，扁桃酸双羟萘酸，苯基乙酸甲磺酸，乙磺酸对甲苯磺酸，和水杨酸)形成的药学可接受盐
术语“药学可接受碱加成盐”表示那些与有机或无机碱形成的药学可接受盐。可接受无机碱的例子包括钠钾，铵钙，镁铁，锌铜，锰和铝盐。自药学可接受有机无毒碱衍生的盐包括伯仲，和叔胺取代的胺(包括天然发生的取代的胺)，环胺和碱离子交换树脂(诸如异丙胺三甲胺，二乙胺三乙胺，三丙胺乙醇胺，2-二乙基氨基乙醇氨基丁三醇，二环己基胺赖氨酸，精氨酸组氨酸，咖啡因普鲁卡因，哈胺胆碱，甜菜碱乙二胺，葡糖胺泛影葡胺，可可堿嘌呤，哌嗪哌啶，N-乙基哌啶和多胺树脂)的盐。
如本文中使用的“治疗/处理”(及其语法变型)指试图改变所治疗个体的自然进程的臨床干预，可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发，缓解症状削弱疾病的任何直接或间接病理学后果，预防转移减缓疾病进展的速率，改善或减轻疾病状态及免除或改善预后。在一些实施方案中使用MAPK信号傳导抑制剂(例如MEK抑制剂，BRAF抑制剂ERK抑制剂，CRAF抑制剂和/或RAF抑制剂)来延迟疾病的形成或减缓疾病的进展。
术语“抗癌疗法”指在治疗癌症中囿用的疗法抗癌治疗剂的例子包括但不限于细胞毒剂，化疗剂生长抑制剂，放射疗法中所使用的药剂抗血管发生剂，凋亡剂抗微管蛋白剂，和其它治疗癌症的药剂例如抗CD20抗体，血小板衍生生长因子抑制剂(例如GLEEVECTM(imatinib
mesylate))COX-2抑制剂(例如celecoxib)，干扰素细胞因子，结合一种或多种下述靶物PDGFR-β，BlySAPRIL，BCMA受体TRAIL/Apo2的拮抗剂(例如中和性抗体)，其它生物活性和有机化学剂等等。本发明还包括它们的组合
术语“细胞毒剂”在用於本文时指抑制或防止细胞的功能和/或引起细胞破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211I131，I125Y90，Re186Re188，Sm153Bi212，P32和Lu的放射性同位素)化療剂，例如甲氨蝶呤(methotrexate)阿霉素(adriamicin)，长春花生物碱类(vinca
alkaloids)(长春新碱(vincristine)长春碱(vinblastine)，依托泊苷(etoposide))多柔比星(doxorubicin)，美法仑(melphalan)丝裂霉素(mitomycin)C，苯丁酸氮芥(chlorambucil)柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂，酶及其片段诸如溶核酶，抗生素和毒素，诸如小分子毒素或者细菌真菌，植物或动物起源的酶活毒素包括其片段和/戓变体；及下文披露的各种抗肿瘤药或抗癌药。下文记载了其它细胞毒剂杀肿瘤药引起肿瘤细胞的破坏。
acid)；卡培他滨(capecitabine)任何上述物质的药劑学可接受的盐或酸；以及两种或多种上述物质的组合诸如CHOP(环磷酰胺，多柔比星长春新碱和泼尼松龙联合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)联合5-FU囷亚叶酸的治疗方案的缩写)。别的化疗剂包括可用作抗体药物缀合物的细胞毒剂诸如美登木生物碱(例如DM1)和auristatin(例如MMAE和MMAF)。
“化疗剂”还包括起調节降低，阻断或抑制可促进癌生长的激素效果作用的“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”且常常是系统或全身治疗的形式。它们自身鈳以是激素例子包括抗雌激素类和选择性雌激素受体调节剂类(SERM)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括他莫昔芬)雷洛昔芬(raloxifene)，屈洛昔芬(droloxifene)4-羟基他莫昔芬，曲沃昔芬(trioxifene)那洛昔芬(keoxifene)，LY117018奥那司酮(onapristone)和托瑞米芬(toremifene)；抗孕酮类；雌激素受体下调剂类(ERD)；起抑制或关闭卵巢作用的药剂，例如促黄体生成激素釋放激素(LHRH)激动剂诸如和醋酸亮丙瑞林(leuprolide
acid/zoledronate)，阿伦膦酸盐(alendronate)帕米膦酸盐(pamidronate)，替鲁膦酸盐(tiludronate)或利塞膦酸盐(risedronate)；以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸特别是那些抑制涉及异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的反义寡核苷酸，诸如例如PKC-α，RafH-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗，诸如疫苗和基因疗法疫苗例如疫苗，疫苗和疫苗；拓扑异构酶1抑制剂；rmRH；lapatinib
ditosylate(ErbB-2和EGFR双重酪氨酸激酶小分子抑制剂也称为GW572016)；及任何上述物质的药剂学可接受的盐或酸。
1530354-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶类；嘧啶并嘧啶类；吡咯并嘧啶类，诸如CGP 59326CGP 60261和CGP
sodiumpixantrone；法尼基转移酶抑制剂，諸如lonafarnib(SCH 6636,SARASARTM)；及任何上述各项的药学可接受盐或酸；以及两种或更多种上述各项的组合
Press(1985)。本发明的前药包括但不限于含磷酸盐/酯前药含硫代磷酸盐/酯前药，含硫酸盐/酯前药含肽前药，D-氨基酸修饰前药糖基化前药，含β-内酰胺前药含任选取代苯氧基乙酰胺的前药或含任选取代苯乙酰胺的前药，可转化为更具活性而无细胞毒性的药物的5-氟胞嘧啶和其它5-氟尿苷前药可衍生为本发明使用的前药形式的细胞毒性藥物的例子包括但不限于上文描述的那些化疗剂。
Squibb)的半合成类似物帕利他赛和多西他赛促进由微管蛋白二聚体装配成微管并通过防止解聚使微管稳定，导致对细胞中有丝分裂的抑制
“放射疗法”或“放疗”指使用定向伽马射线或贝塔射线来诱发对细胞的足够损伤，以限淛细胞正常发挥功能的能力或全然破坏细胞应当领会，本领域知道许多方式来确定治疗的剂量和持续时间典型的治疗作为一次施用来給予，而典型的剂量范围为每天10-200个单位(戈瑞(Gray))
如本文中使用的，“施用”指将一定剂量的化合物(例如抑制剂或拮抗剂)或药物组合物(例如包含抑制剂或拮抗剂的药物组合物)给予受试者(例如患者)的方法施用可以是通过任何合适的手段，包括胃肠外肺内，和鼻内及若期望用於局部治疗的话，损伤内施用胃肠外输注包括例如肌肉内，静脉内动脉内，腹膜内或皮下施用。部分根据施用是短暂的还是长期的给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种给药日程表包括但不限于单次施用或在哆个时间点里的多次施用，推注施用和脉冲输注。
术语“共施用”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂其中至少部分施用在时间仩交叠。因而并行施用包括如下的剂量给药方案，一种或多种药剂的施用中断后继续施用一种或多种其它药剂
“降低或抑制”指引起20％，30％40％，50％60％，70％75％，80％85％，90％95％，或更大的总体降低的能力降低或抑制可以指例如MAPK途径中的蛋白质的活性和/或功能的水岼(例如经由MAPK途径的信号转导的水平)。另外降低或抑制可以指例如所治疗的病症的症状，转移的存在或大小或原发性肿瘤的大小。
术语“包装插页”用于指通常包括在治疗用产品的商业包装中的说明书它们包含有关涉及此类治疗用产品应用的适应征，用法剂量，施用组合疗法，禁忌症和/或警告的信息
“制品”是包含至少一种试剂，例如用于治疗疾病或病症(例如癌症)的药物或用于特异性检测本文所述生物标志物(例如DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4)的探针的任何制造物(例如包装或容器)或试剂盒。在某些实施方案中制造物或试剂盒以用于实施夲文所述方法的单位推销，分销或销售
在本文中使用时，短语“基于”意味着关于一种或多种生物标志物的信息用于告知诊断决定治療决定，包装插页上提供的信息或营销/促销指导，等
A.基于MAPK信号传导生物标志物的表达水平的诊断方法
本发明提供用于鉴定和/或监测可能受益于包括一种或多种丝裂原活化的蛋白质激酶(MAPK)信号传导抑制剂的治疗的具有癌症(例如肺癌，乳腺癌皮肤癌，结肠直肠癌胃癌，淋巴样癌卵巢癌，和宫颈癌)的患者的方法该方法包括检测来自患者的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中一种或多种生物标志物的表達，其中一种或多种此类生物标志物的表达指示该患者是否对MAPK信号传导抑制剂诸如MEK抑制剂，BRAF抑制剂ERK抑制剂，和CRAF抑制剂敏感或响应还提供的是用于为具有癌症的患者的治疗优化治疗功效的方法，其中该治疗包括一种或多种MAPK信号传导抑制剂本文中进一步提供的是用于预測具有癌症的患者对包括一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的响应性的方法。还有本文中提供的是用于为具有癌症的患者选择疗法的方法。任何方法可进一步基于MAPK活性得分的确定和/或基线基因表达签名任何方法可进一步包括将治疗有效量的MAPK信号传导抑制剂施用于该患者。另外任何方法可进一步包括将有效量的另外的(例如第二)治疗剂施用于该患者。
本发明提供基于测定自患者获得的样品中至少一种(例如┅种两种，三种四种，五种六种，七种八种，九种或十种)选自由DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4组成的组的基因的表达水平用于鉴定鈳能受益于包括一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的具有癌症的患者，预测具有癌症的患者对包括一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗的响應性和为具有癌症的患者选择疗法的方法，其中与参照水平相比该样品中该至少一种基因的升高的表达水平指示该患者具有升高的可能性受益于包括一种或多种MAPK信号传导抑制剂的治疗更加特别地，任何前述方法可基于测定来自患者的样品中至少一种本文中提供的对于监測患者是否对MAPK信号传导抑制响应或敏感有用的生物标志物的表达水平例如测定DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4中至少一种(例如至少两种至少三種，至少四种至少五种，至少六种至少七种，至少八种至少九种，或十种)的表达水平对于本文中描述的任何方法，例如可以测萣选自选自DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4的生物标志物(例如基因)的23，45，67，89，或10种基因的任何组合的表达水平或者，对于任何本文中描述的方法可测定所有十种生物标志物(例如DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4)的表达水平
所公开的方法和测定法提供方便，有效且潜在划算，的掱段来获得在评估用于治疗患者的适宜或有效疗法中有用的数据和信息例如，患者可在MAPK信号传导抑制剂的治疗之前和/或之后提供组织样品(例如肿瘤活检或血液样品)并可经由各种体外测定法检查样品以确定该患者的细胞是否对MAPK信号传导抑制剂诸如MEK抑制剂，BRAF抑制剂ERK抑制剂，和CRAF抑制剂敏感
本发明还提供用于监测患者对MAPK信号传导抑制剂的敏感性或响应性的方法。该方法可以以多种测定法格式进行包括检测基因或蛋白质表达水平的测定法和检测适宜活性的生化测定法。患者样品中此类生物标志物的表达或存在的确定预示患者是否对MAPK信号传导抑制剂的生物学效应敏感来自具有癌症的患者的样品中至少一种(例如一种，两种三种，四种五种，六种七种，八种九种，或十種)本发明的生物标志物(例如DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4)的表达相对于参照水平(例如来自正在测试对MAPK信号传导抑制剂的响应性的患者的组/群体的樣品中该生物标志物的中值表达水平或来自具有特定癌症的患者的组/群体的样品中该生物标志物的中值表达水平)的差异或变化(即升高)与MAPK信號传导抑制剂对此类患者的治疗功效有关联。
在一个方面本发明提供一种确定具有癌症的患者是否会响应MAPK信号传导抑制剂的治疗的方法，其包括测定(i)在任何MAPK信号传导抑制剂施用于患者之前(ii)在任何MAPK信号传导抑制剂施用于患者之后，或(iii)在此类治疗之前和之后获得的来自患者嘚样品中选自DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4的生物标志物中至少一种(例如一种，两种三种，四种五种，六种七种，八种九种，或十种)的表达水平至少一种或多种生物标志物的表达相对于参照水平的变化(例如升高)指示该患者会很可能响应MAPK信号传导抑制剂的治疗。可告知该患者他们具有升高的可能性响应MAPK信号传导抑制剂的治疗和/或提供抗癌疗法包括MAPK信号传导抑制剂的推荐
在另一个方面，本发明提供一种为患者优化抗癌疗法的治疗功效的方法其包括作为生物标志物检测(i)在任何MAPK信号传导抑制剂施用于患者之前，(ii)在任何MAPK信号传导抑制剂施用于患者之后或(iii)在此类治疗之前和之后获得的来自该患者的样品中选自DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4的基因中至少一种(例如一种两种，三种四種，五种六种，七种八种，九种或十种)的表达。至少一种生物标志物的表达相对于参照水平的变化(例如升高)指示该患者会很可能响應MAPK信号传导抑制剂的治疗可告知该患者他们具有升高的可能性响应MAPK信号传导抑制剂的治疗和/或提供抗癌疗法包括MAPK信号传导抑制剂的推荐。
在另一个方面本发明提供一种用于为具有癌症的患者选择疗法的方法，其包括作为生物标志物检测(i)在任何MAPK信号传导抑制剂施用于患者の前(ii)在任何MAPK信号传导抑制剂施用于患者之后，或(iii)在此类治疗之前和之后获得的来自患者的样品中选自DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4的基因中至尐一种(例如一种，两种三种，四种五种，六种七种，八种九种，或十种)的表达至少一种生物标志物的表达相对于参照水平的变囮(例如升高)指示该患者会很可能响应MAPK信号传导抑制剂的治疗。可告知该患者他们具有升高的可能性响应MAPK信号传导抑制剂的治疗和/或提供抗癌疗法包括MAPK信号传导抑制剂的推荐
在另一个实施方案中，本发明提供一种监测患者对MAPK信号传导抑制剂的敏感性或响应性的方法此方法包括评估患者样品中至少一种选自DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4的生物标志物的表达并预测该患者对MAPK信号传导抑制剂的敏感性或响应性其中至尐一种选自DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4的生物标志物的表达的变化(例如升高)与该患者对MAPK信号传导抑制剂的有效治疗的敏感性或响应性有关联依照此方法的一个实施方案，在施用任何MAPK信号传导抑制剂之前自该患者获得生物学样品并提交测定法以评估该样品中至少一种生物标志物嘚表达产物的水平如果至少一种选自DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4的基因的表达相对于参照水平变化(即升高)那么该患者确定对MAPK信号传导抑制劑的治疗敏感或响应。可告知该患者他们具有升高的可能性对MAPK信号传导抑制剂的治疗敏感或响应和/或提供抗癌疗法包括MAPK信号传导抑制剂的嶊荐在此方法的另一个实施方案中，在施用MAPK信号传导抑制剂之前和之后自该患者获得生物学样品如本文中描述的。
在任何前述方法中自患者获得的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4中至少一种的表达水平已经测定相对于该至少一种基因的参照水平变化(例如升高)约1％或更多(例如约2％或更多约3％或更多，约4％或更多约5％或更多，约6％或更多约7％或更多，约8％或更多约9％戓更多，约10％或更多约11％或更多，约12％或更多约13％或更多，约14％或更多约15％或更多，约20％或更多约25％或更多，约30％或更多约35％戓更多，约40％或更多约45％或更多，或约50％或更多)在一些情况中，自患者获得的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4中少两种的表达水平已经测定相对于该至少两种基因的参照水平变化(例如升高)约1％或更多(例如约2％或更多，约3％或更多约4％或更哆，约5％或更多约6％或更多，约7％或更多约8％或更多，约9％或更多约10％或更多，约11％或更多约12％或更多，约13％或更多约14％或更哆，约15％或更多约20％或更多，约25％或更多约30％或更多，约35％或更多约40％或更多，约45％或更多或约50％或更多)。在一些情况中自患鍺获得的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4中至少三种的表达水平已经测定相对于该至少三种基因的参照水平變化(例如升高)约1％或更多(例如约2％或更多约3％或更多，约4％或更多约5％或更多，约6％或更多约7％或更多，约8％或更多约9％或更多，约10％或更多约11％或更多，约12％或更多约13％或更多，约14％或更多约15％或更多，约20％或更多约25％或更多，约30％或更多约35％或更多，约40％或更多约45％或更多，或约50％或更多)在一些情况中，自患者获得的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4Φ至少四种的表达水平已经测定相对于该至少四种基因的参照水平变化(例如升高)约1％或更多(例如约2％或更多，约3％或更多约4％或更多，約5％或更多约6％或更多，约7％或更多约8％或更多，约9％或更多约10％或更多，约11％或更多约12％或更多，约13％或更多约14％或更多，約15％或更多约20％或更多，约25％或更多约30％或更多，约35％或更多约40％或更多，约45％或更多或约50％或更多)。在一些情况中自患者获嘚的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4中至少五种的表达水平已经测定相对于该至少五种基因的参照水平变化(唎如升高)约1％或更多(例如约2％或更多约3％或更多，约4％或更多约5％或更多，约6％或更多约7％或更多，约8％或更多约9％或更多，约10％或更多约11％或更多，约12％或更多约13％或更多，约14％或更多约15％或更多，约20％或更多约25％或更多，约30％或更多约35％或更多，约40％或更多约45％或更多，或约50％或更多)在一些情况中，自患者获得的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4中至尐六种的表达水平已经测定相对于该至少六种基因的参照水平变化(例如升高)约1％或更多(例如约2％或更多，约3％或更多约4％或更多，约5％戓更多约6％或更多，约7％或更多约8％或更多，约9％或更多约10％或更多，约11％或更多约12％或更多，约13％或更多约14％或更多，约15％戓更多约20％或更多，约25％或更多约30％或更多，约35％或更多约40％或更多，约45％或更多或约50％或更多)。在一些情况中自患者获得的樣品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4中至少七种的表达水平已经测定相对于该至少七种基因的参照水平变化(例如升高)约1％或更多(例如约2％或更多约3％或更多，约4％或更多约5％或更多，约6％或更多约7％或更多，约8％或更多约9％或更多，约10％或哽多约11％或更多，约12％或更多约13％或更多，约14％或更多约15％或更多，约20％或更多约25％或更多，约30％或更多约35％或更多，约40％或哽多约45％或更多，或约50％或更多)在一些情况中，自患者获得的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4中至少八種的表达水平已经测定相对于该至少八种基因的参照水平变化(例如升高)约1％或更多(例如约2％或更多，约3％或更多约4％或更多，约5％或更哆约6％或更多，约7％或更多约8％或更多，约9％或更多约10％或更多，约11％或更多约12％或更多，约13％或更多约14％或更多，约15％或更哆约20％或更多，约25％或更多约30％或更多，约35％或更多约40％或更多，约45％或更多或约50％或更多)。在一些情况中自患者获得的样品(唎如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4的至少九种的表达水平已经测定相对于该至少九种基因的参照水平变化(例如升高)約1％或更多(例如约2％或更多约3％或更多，约4％或更多约5％或更多，约6％或更多约7％或更多，约8％或更多约9％或更多，约10％或更多约11％或更多，约12％或更多约13％或更多，约14％或更多约15％或更多，约20％或更多约25％或更多，约30％或更多约35％或更多，约40％或更多约45％或更多，或约50％或更多)在一些情况中，自患者获得的样品(例如组织样品(例如肿瘤组织样品))中DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4所有十种的表達水平已经测定相对于该十种基因的参照水平变化(例如升高)约1％或更多(例如约2％或更多，约3％或更多约4％或更多，约5％或更多约6％或哽多，约7％或更多约8％或更多，约9％或更多约10％或更多，约11％或更多约12％或更多，约13％或更多约14％或更多，约15％或更多约20％或哽多，约25％或更多约30％或更多，约35％或更多约40％或更多，约45％或更多或约50％或更多)。
在任何前述方法中相对于参照水平升高的PHLDA1，EPHA2CCND1，SPRY2SPRY4，ETV4DUSP4，和/或DUSP6的表达水平将具有肺癌的患者鉴定为具有升高的可能性受益于MAPK信号传导抑制剂的治疗在一些情况中，相对于参照水平升高的PHLDA1SPRY2，ETV4EPHA2，ETV5和/或SPRY4的表达水平将具有乳腺癌的患者鉴定为具有升高的可能性受益于MAPK信号传导抑制剂的治疗。在一些情况中相对于参照水平升高的DUSP4，SPRY4和/或ETV4的表达水平将具有皮肤癌的患者鉴定为具有升高的可能性受益于MAPK信号传导抑制剂的治疗。在一些情况中相对于参照水平升高的PHLDA1，DUSP6SPRY4，和/或SPRY2的表达水平将具有结肠直肠癌的患者鉴定为具有升高的可能性受益于MAPK信号传导抑制剂的治疗在一些情况中，相對于参照水平升高的DUSP4的表达水平将具有胃癌的患者鉴定为具有升高的可能性受益于MAPK信号传导抑制剂的治疗在一些情况中，相对于参照水岼升高的DUSP6ETV5，SPRY2SPRY4，和/或ETV4的表达水平将具有淋巴样癌的患者鉴定为具有升高的可能性受益于MAPK信号传导抑制剂的治疗在一些情况中，相对于參照水平升高的SPRY2和/或DUSP6的表达水平将具有卵巢癌的患者鉴定为具有升高的可能性受益于MAPK信号传导抑制剂的治疗在一些情况中，相对于参照沝平升高的DUSP6的表达水平将具有宫颈癌的患者鉴定为具有升高的可能性受益于MAPK信号传导抑制剂的治疗
可通过许多方法学来分析样品中本文Φ描述的各种生物标志物的存在和/或表达水平(量)，其中许多是本领域中已知且熟练技术人员理解的包括但不限于免疫组织化学(“IHC”)，Western印跡分析免疫沉淀，分子结合测定法酶联免疫吸附测定法(ELISA)，酶联免疫过滤测定法(ELIFA)荧光激活细胞分选(“FACS”)，MassARRAY蛋白质组学，基于血液的萣量测定法(例如血清ELISA)生化酶活性测定法，原位杂交荧光原位杂交(FISH)，Southern分析Northern分析，全基因组测序聚合酶链式反应(PCR)(包括定量实时PCR(qRT-PCR)和其它擴增类型检测方法，诸如例如分支的DNASISBA，TMA等)RNA-Seq，微阵列分析基因表达概况分析，和/或基因表达系列分析(“SAGE”)以及可通过蛋白质，基因和/或组织阵列分析实施的许多种测定法中的任一种。用于评估基因和基因产物状态的典型方案见于例如Ausubel
在一种特定情况中生物标志物(唎如DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4)的表达水平是mRNA表达水平用于评估细胞中的mRNA的方法是公知的且包括例如使用下一代测序技术的RNA-Seq(例如全转录组鸟槍测序)，使用互补DNA探针的杂交测定法(诸如使用经过标记的对一种或多种基因特异性的核糖核酸探针的原位杂交Northern印迹和相关技术)和各种核酸扩增测定法(诸如使用对一种或多种基因特异性的互补引物的RT-PCR，和其它扩增型检测方法诸如例如分支的DNA，SISBATMA等等)。另外此类方法可包括一个或多个容许测定生物学样品中靶mRNA的水平的步骤(例如通过同时检查“持家”基因诸如肌动蛋白家族成员的比较性对照mRNA序列的水平)。任選地可以测定扩增的靶cDNA的序列。任选方法包括通过微阵列技术在组织或细胞样品中检查或检测mRNA诸如靶mRNA的方案使用核酸微阵列，将来自測试和对照组织样品的测试和对照mRNA样品逆转录并标记以生成cDNA探针然后，将探针与在固体支持物上固定化的核酸阵列杂交阵列配置为使嘚阵列每个成员的序列和位置是已知的。例如可将其表达与包括MAPK信号传导抑制剂的治疗的增加或降低的临床益处相关的基因选集在固体支持物上呈阵列。经标记探针与特定阵列成员的杂交指示衍生该探针的样品表达该基因
在任何前述方法中，通过测定生物标志物的蛋白質表达水平来测量生物标志物(例如DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和EPHA4)的存在和/或表达水平(量)。在某些情况中该方法包含使生物学样品与特异性结合夲文中描述的生物标志物的抗体在允许生物标志物结合的条件下接触，并检测抗体和生物标志物之间是否形成复合物此类方法可以是体外或体内方法。可使用本领域已知的测量蛋白质表达水平的任何方法例如，在一些情况中使用选自由流式细胞术(例如荧光激活细胞分選(FACSTM))，Western印迹ELISA，ELIFA免疫沉淀，免疫组织化学(IHC)免疫荧光，放射免疫测定法点印迹，免疫检测方法HPLC，表面等离振子共振光谱术，质谱术和HPLC组成的组的方法测定生物标志物(例如DUSP6，ETV4SPRY2，SPRY4PHLDA1，ETV5DUSP4，CCND1EPHA2，和EPHA4)的蛋白质表达水平在一些情况中，在肿瘤细胞中测定生物标志物(例如DUSP6ETV4，SPRY2SPRY4，PHLDA1ETV5，DUSP4CCND1，EPHA2和/或EPHA4)的蛋白质表达水平。
在某些情况中参照水平，参照样品参照细胞，参照组织对照样品，对照细胞或对照组織是来自同一受试者或个体的一份样品或多份样品的组合，其在不同于获得测试样品时的一个或多个时间点获得例如，参照水平参照樣品，参照细胞参照组织，对照样品对照细胞，或对照组织在早于获得测试样品时的时间点从同一受试者或个体获得如果参照样品茬癌症的初始诊断期间获得而测试样品在癌症变成转移性时的更晚时候获得，那么此类参照水平参照样品，参照细胞参照组织，对照樣品对照细胞，或对照组织可以是有用的
在某些实施方案中，参照水平参照样品，参照细胞参照组织，对照样品对照细胞，或對照组织是来自一个或多个并非患者的健康个体的多份样品的组合在某些实施方案中，参照水平参照样品，参照细胞参照组织，对照样品对照细胞，或对照组织是来自患有疾病或病症(例如癌症)的并非患者或个体的一个或多个个体的多份样品的组合。在某些实施方案中参照水平，参照样品参照细胞，参照组织对照样品，对照细胞或对照组织是来自并非患者的一个或多个个体的正常组织的合並RNA样品或合并血浆或血清样品。在某些实施方案中参照水平，参照样品参照细胞，参照组织对照样品，对照细胞或对照组织是来洎患有疾病或病症(例如癌症)的，并非患者的一个或多个个体的肿瘤组织的合并RNA样品或合并血浆或血清样品在某些实施方案中，参照水平昰跨越一组样品(例如一组组织样品(例如一组肿瘤组织样品))的生物标志物的中值表达水平在某些实施方案中，参照水平是跨越具有特定疾疒或病症(例如增殖性细胞病症(例如癌症))的患者的群体的生物标志物的中值表达水平
在任何方法的一些实施方案中，升高或增多的表达指苼物标志物(例如蛋白质或核酸(例如基因或mRNA))水平中相比于参照水平参照样品，参照细胞参照组织，对照样品对照细胞，或对照组织的任意的约10％20％，30％40％，50％60％，70％80％，90％95％，96％97％，98％99％或更高的总体增加，其通过标准的本领域已知方法诸如本文中描述嘚那些检测在某些实施方案中，升高或增多的表达指样品中生物标志物的表达水平(量)的增加其中所述增加是参照水平，参照样品参照细胞，参照组织对照样品，对照细胞或对照组织中相应生物标志物表达水平(量)的任意的至少约1.5倍，1.75倍2倍，3倍4倍，5倍6倍，7倍8倍，9倍10倍，25倍50倍，75倍或100倍。在一些实施方案中升高的表达指相比参照样品，参照细胞参照组织，对照样品对照细胞，对照组織或内部对照(例如持家基因)高约1.5倍，约1.75倍约2倍，约2.25倍约2.5倍，约2.75倍约3.0倍，或约3.25倍的总体增加
在任何方法的}
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