耳朵和鼻腔在咽喉区域有相互连通的管道——咽鼓管其管腔很小，在咽喉出现炎症时候会局部的肿大导致咽鼓管下部堵塞，引起耳膜两侧的压强不同在打哈欠耳朵疼时候，肺部大量的摄入空气面部肌肉活动增加，会增加这种压强差异引起耳朵疼痛。

耳道炎症也会引起咽鼓管的堵塞只不过有两種情况，一是耳道炎症局部肿大导致堵塞，另外一种是耳道炎症出现了脓液流入咽鼓管内，导致堵塞也会出现耳膜两侧压强差异，咑哈欠耳朵疼会增加这种现象出现耳朵疼痛。

颞下颌关节紊乱综合征是口腔颌面部最常见的疾病发病机制尚未完全明了。本症的主要臨床表现为关节区疼痛、运动时关节弹响、下颌运动障碍等在打哈欠耳朵疼时候这种疼痛症状会明显增加，也会延伸辐射出耳朵疼痛的症状

腮腺和耳朵比较接近，有些患者出现了腮腺感染腮腺严重肿大，有的甚至会肿到耳朵后面去耳朵内部也有不同程度的肿大，在咑哈欠耳朵疼时候容易牵扯到肿胀处引起疼痛。