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温州医学院基因组医学研究院有多年海外工作经验的课题负责人招聘研究助手和技术员各1名
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温州医学院基因组医学研究院有多年海外工作经验的课题负责人招聘研究助手和技术员各1名。
基本要求：
1. 研究助手要求细胞生物学，分子生物学、医学或其它相关生物专业博士毕业，技术员要求硕士及以上学历；
2. 熟悉分子和细胞生物学实验技术，如DNA/RNA抽提，PCR, &分子克隆，细胞培养及蛋白质功能研究等相关技术；有小鼠动物实验经验（如基因剔除小鼠研究）者优先； 能胜任新一代测序技术及其相关数据分析者优先；
3. 具有较好的英语阅读能力；
4. 应聘研究助手者要求有一篇SCI IF2.0以上的文章为优；　
5. 能吃苦耐劳，有工作责任心和团队合作精神
研究助手待遇：
正式编制，薪酬待遇在8-10万元, 根据申请者资历确定，条件优者可校聘为副教授。提供安家费3－4万元，70平米周转房或者租房补贴 1000元/月，享受学校经济适用房政策。
技术员待遇：
非正式编制，但按温州医学院相关规定，享受温州医学院在编教师待遇。试用期3-6个月后，合同至少4-5年。
有意向者请将简历发送至
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吴金雨博士
温州医学院基因组医学研究院 &&
吴金雨，男，1982年出生。2007年毕业于温州医科大学，获医学硕士学位。09年5月，在温州医学院生命科学学院任教，从事生物信息学研究，主要包括比较基因组学和分子进化分析，生物信息学工具和数据库开发。2009年6月加入温州医科大学基因组医学研究院任研究组长(PI)。主要研究兴趣：癌症基因组学和癌症生物信息学，表观基因组学，生物信息学算法和工具的开发，高通量数据的挖掘等。迄今以第一作者或通讯作者已在Nucleic Acids Research, Bioinformatics, BMC Bioinformatics, BMC Genomics和Genomics等国际权威杂志公开发表SCI论文15篇。目前，作为项目负责人，主持国家自然科学基金面上项目，国家自然科学青年基金、浙江省自然科学基金各1项。同时，担任Nucleic Acids Research, Bioinformatics, PLoS One和Journal of Molecular Evolution等杂志的特约审稿人。
获得资助课题项目：
1）基于高通量测序的DNA甲基化分析软件的开发及其在卵巢癌中的应用，国家自然科学基金面上项目，15-12，主持人，项目编号，资助金额60万元。
2）病原细菌转录因子生物信息学预测与整合分析平台的搭建，国家自然科学青年基金，11-12，主持人，项目编号，资助金额18万元。
3）高通量挖掘肺炎克雷伯菌质粒基因组耐药基因及其遗传变异规律的研究，浙江省自然科学基金，11-12，主持人，项目编号Y2090694，资助金额8万元。
已发表论文(&corresponding author, *co-first authors)
1.&Wu JY&, Shen E, Shi D, Sun Z, Cai T. Identification of a novel Cys146X mutation of SOD1 in familial amyotrophic lateral sclerosis by whole-exome sequencing. Genet Med. ):823-6.
2.Bi C*,& Wu JY&*, Jiang T, Liu Q, Cai W, Yu P, Cai T, Zhao M, Jiang YH, Sun ZS. Mutations of ANK3 identified by exome sequencing are associated with autism susceptibility. Hum Mutat. ):1635-8.
3.Liu Q, Shen E, Min Q, Li X, Wang X, Li X, Sun ZS, & Wu JY&&
. Exome-assistant: a rapid and easy detection of disease-related genes and genetic variations from exome sequencing. BMC Genomics. 2012 Dec 11;13:692.
4.Wang Tao, Qi Liu, Xianfeng Li, Jinchen Li, Zhongsheng Sun,& Wu JY&&.&RRBS-Analyser: a comprehensive web server for reduced representation bisulfite sequencing data analysis. Genome biology,&2012 (In submit).&
1.Yu TH, Li JS, Liu Q, Chen BB, Zhao FQ Bao QY and Wu JY&. Codon usage patterns and adaptive evolution of marine unicellular cyanobacteria Synechococcus and Prochlorococcus. Molecular Phylogenetics and Evolution (In press).
2 & & & &Zhou L, Li X, Liu Q,&Wu JY&. Small RNA transcriptome investigation based on next-generation sequencing technology. J Genet Genomics. 2011 Nov 20;38(11):505-13.&& &
2.Hou HB, Zhao FQ, Zhou LL, Zhu EL, Li XK, Wu JY&and Sun ZS&. MagicViewer: integrated solution for next-generation sequencing data visualization and genetic variation detection and annotation. Nucleic Acids Research 2010 38 Suppl: W732-6.
3.Zhu EL, Zhao FQ, Zhou LL, Hou HB, Xu G, Bao QY, Sun ZS and Wu JY&. mirTools: microRNA profiling and discovery based on high-throughput sequencing. Nucleic Acids Research 2010 38 Suppl: W392-7.
4.Bai J, Wang JR, Xue F, Xu G, Bao QY, Yan J and Wu JY&. proTF: a comprehensive data and phylogenomics resource for prokaryotic transcription factors. Bioinformatics ):2493-5.
5.Zhao FQ, Bai J, Wu JY, Liu J, Yi HG, Gao SJ, and Bao QY.Sequencing and genetic variation of multidrug resistance plasmids in clinical samples. PLoS ONE): e10141.
6.Yi HG, Xi YL, Liu J, Wang JE, Wu JY, Wang H, Zhou MM, Li JS, Xu ZY and Bao QY Sequence analysis of pKF3-70 in Klebsiella pneumoniae: probable origin from R100-like plasmid of Escherichia coli. PLoS ONE. ):e8601.
7.Liu GM*, Wu JY*, Yang HM and Bao QY. Codon usage patterns in Corynebacterium glutamicum: mutational bias, natural selection and amino acid conservation. Comparative and Functional Genomics .
8.Xue F, Dong HY, Wu JY, Wu ZW, Hu WL, Sun HH and Yan J. Transcriptional Responses of Leptospira interrogans to Host Innate Immunity: Significant Changes in Metabolism, Oxygen Tolerance, and Outer Membrane. PLoS Neglected Tropical Diseases ): e857.
9.Xu G*, Wu JY*, Zhou LL, Chen BH, Zhu EL, Sun ZS, Tao ZH and Zhao FQ. Comprehensive characterization of the small RNA transcriptomes of androgen dependent and independent prostate cancer. PLoS ONE.):e15519.
10.Wu JY, Xu X, XiaoJ, Xu L, Yi HG, Gao SJ, Liu J, Bao QY, Zhao FQ and Li XK.FlyPhy: a phylogenomic analysis platform for Drosophila genes and gene families. BMC Bioinformatics ): 123.
11.Zhao FQ, Hou HB, Bao QY and Wu JY&. PGA4genomics for comparative genome assembly based on genetic algorithm optimization. Genomics200994(4):284-6.
12.Wu JY, Yu TH, Bao QY andZhao FQ. Evidence of extensive homologous recombination in the core genome of Rickettsia.Comparative and Functional Genomics .
13.Bu LJ, Xiao J, Xu G, Bao QY and Wu JY&. The Repertoire and Evolution of ATP-Binding Cassette Systems in Synechococcus and Prochlorococcus . Journal of Molecular Evolution ):300&310.
14.Wu JY, Wang SQ, Bai J, Liang S, Li D,Xu ZY, Niu YX,Lu JX and Bao QY.ArchaeaTF: an integrated database of putative transcription factors in Archaea. Genomics ): 102-107.
15.Xu X*, Wu JY*, XiaoJ, TanY, Bao QY, Zhao FQ and Li XK.PlasmoGF: an integrated system for comparative genomics and phylogenetic analysis of Plasmodium gene families. Bioinformatics ): 1217-20.
16.Lu JX, Bao QY, Wu JY, Wang SQ, Bai J, Xi YL, Wang H andQu J.CSCDB: a database for cAMP and cGMP signalling components.Genomics ): 60-4.
17.Wu JY, Bai J, Zhao FQ and Bao QY.Lineage-specific domain fusion in the evolution of purine nucleotide cyclases in cyanobacteria. Journal of Molecular Evolution ): 85-94.
18.Wu JY, Zhao FQ, Wang SQ, Deng G, Wang JR, Bai J, Lu JX, Qu J and Bao QY.cTFbase: a database for comparative genomics of transcription factors in cyanobacteria.BMC Genomics ): 104.
19.Wu JY, Zhao FQ, Bai J, Deng G, Qin S and Bao QY. Evidence for positive darwinian selection of Vip gene in Bacillus thuringiensis. Journal of Genetic and Genomics2007, 34(7):649-660.
20.Wu JY, Zhao FQ, Bai J, Deng G,Qin S and Bao QY. Adaptive evolution of Cry gene family in Bacillus thuringiensis: implications for their specificity determination. Genomics Proteomics & Bioinformatics 2-110.
21.Zhao FQ, Zhang XW, Liang CW, Wu JY, Bao QY and Qin S.Genome-wide analysis of restriction-modification system in unicellular and filamentous cyanobacteria. Physiological Genomics1-190.
课题组成员
刘琦，男，27岁，硕士，温州医学院基因组医学研究院，讲师，2009年毕业于四川大学，获硕士学位。2009-至今在温州医科大学基因组医学研究院从事疾病基因组学研究以及高通量测序在疾病中的应用研究。主要研究领域为癌症基因组学，特别是前列腺癌由雄激素依赖到非依赖过程中microRNA、mRNA转录组比较分析，以及开发自有软件SplicingViewer进行选择性剪切模式检测及前列腺癌选择性剪切模式差异比较应用研究。
发表论文：
1.Liu Q, Zhang C, Yang Y, Hu X. Genome-wide and molecular evolution analyses of phospholipase D gene family in Poplar and Grape. BMC Plant Biol. .
2.Qi Liu, Linglin Zhou, Huabin Hou, Erle Zhu, Enjian Shen, Fangqing Zhao, Jinyu Wu, Zhongsheng Sun. Detection, annotation and visualization of the alternative splicing from RNA-Seq data with SplicingViewer. RNA, 2010 (In submit).
3.&&Yu TH, Li JS, Liu Q, Chen BB, Zhao FQ Bao QY and Wu JY. Codon usage patterns and adaptive evolution of marine unicellular cyanobacteria Synechococcus and Prochlorococcus. Molecular Phylogenetics and Evolution (In press).
4.Teng H, Cai W, Zhou L, Zhang J, Liu Q, Wang Y, Dai W, Zhao M, Sun Z. Evolutionary mode and functional divergence of vertebrate NMDA receptor subunit 2 genes. PLoS One. (10):e13342.
5.&& Jie Bai*, Qi Liu*, Yang Yang, et al. Insights into the evolution of gene organization and multidrug resistance from Klebsiella pneumoniae plasmid pKF3-140. Gene. In Press.
6.&&& Liu Q, Sun Y, Su W,et al. Species-specific size expansion and molecular evolution of the oleosins in angiosperms.Gene. 2012 Nov 10;509(2):247-57.
7.&&& Liu Q, Shen E, Min Q, et al. Exome-assistant: a rapid and easy detection of disease-related genes and genetic variations from exome sequencing.BMC Genomics. 2012 Dec 11;13:692.
8.&& Bi C, Wu J, Jiang T, Liu Q, et al. Mutations of ANK3 identified by exome sequencing are associated with autism susceptibility.Hum Mutat. ):1635-8.
9.&& Zhou L, Li X, Liu Q, et al. Small RNA transcriptome investigation based on next-generation sequencing technology. J Genet Genomics. 2011 Nov 20;38(11):505-13.
10.&Wang Tao, Qi Liu, Xianfeng Li, Jinchen Li, Zhongsheng Sun, Jinyu Wu.&RRBS-Analyser: a comprehensive web server for reduced representation bisulfite sequencing data analysis. Genome biology,&2012 (In submit).&
获得资助课题项目：
多重耐药肺炎克雷伯菌质粒基因组的分子进化机制，国家自然科学基金青年项目，14-12，主持人，项目编号，资助金额25万元。
2009级：陈冲，李雪莹，沈恩健
2010级：李先锋，王鑫，尤明聪
2011级：李津臣，闵庆杰，王涛，谢庆
2012级：冉霞，邵谦之，伍鸿鹄丁香客App是丁香园社区的官方应用，聚合了丁香园论坛和丁香客的精彩内容。医生可通过丁香客App浏览论坛，也可以在这个医生群集的关系网络中分享和互动，建立更广泛的学术圈子。
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温州医学院基因组医学研究院拟招聘生物信息学技术员
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招聘单位：温州医学院基因组医学研究院工作地点：温州市鹿城区要求：1.硕士及以上学历2.具有生物信息学背景，能够胜任新一代测序技术相关数据分析工作3.熟练掌握相关计算机编程语言待遇：优秀者可考虑编制为温州医学院正式员工，具体详谈有意向者请将简历发至.cn联系电话：吴老师 9
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贵单位的MagicViewer还不错，可惜不开源。
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baby1885 edited on
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没这实力啊
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如果没有学历要求，可以从华大挖角。那是新测序数据处理技术人员最富集的地方。不过好像以本科毕业生为多。
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不知道待遇怎么样啊
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junbio wrote:不知道待遇怎么样啊待遇在3.5～6千之间
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顶下。。。
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温州3-6k，待遇还是蛮低的！！！
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唐开福课题组介绍
温州医学院基因组医学研究院 &&
唐开福课题组简介
1 课题组长唐开福简介：
唐开福，男，1972年出生。先后毕业于重庆医科大学、中国协和医科大学和重庆大学，获医学学士、理学硕士和工学博士学位。1995年8月至1998年8月在华蓥溪口镇卫生院、华蓥市人民医院任内科医师。2001年10月至2005年9月先后留学德国和瑞士。2005年10月至2010年4月，在重庆医科大学附二院病毒性肝炎研究所工作，历任医师、副研究员。2009年7月至今，温州医科大学基因组医学研究院/温州医学院附一院感染科，学校特聘教授、研究员、课题组长、肝病研究所副所长。
浙江省杰出青年基金获得者(2011年)；浙江省151人才工程第三层次培养人员(2011年)；浙江省151人才工程第二层次培养人员(2012年)；温州市551人才工程第一层次培养人员(2013年)；《Frontiers in Gastrointestinal Cancers》编委；BIT'S 3rd Annual world DNA and Genome Day 顾问委员会成员；《中华肝脏病杂志》编委；教育部创新团队成员。近5来主持国家自然科学基金4项、国家科技重大专项子课题1项、其他项目7项；参加国家自然科学基金8项。获重庆市科技进步一等奖、教育部科技进步二等奖、中华医学科技奖二等奖等共6项；发表文章40余篇。
近年来发表的部分文章（*联系作者，IF为2011年最新影响因子）：
(1) Tang KF*, Ren H, Cao J, Zeng GL, Xie J, Chen M, Wang L, He CX.. Decreased Dicer expression elicits DNA damage and up-regulation of MICA and MICB. J Cell Biol. 182(2):233-9. 2008. (IF=10.264)
(2) Wu J, Wu g, Lv L, R YF, Zhang XJ, Xue YF, Li GL, Lu XC, Sun ZS, Tang KF*, MicroRNA-34a inhibits migration and invasion of colon cancer cells via targeting to Fra-1. Carcinogenesis. 33(3):519-28. 2012. ( IF=5.702)
(3)Tang KF, Song GB*, Shi YS, Yuan L, Li YH. Dicer knockdown induces fibronectin-1 expression in HEK293T cells via induction of Egr1, Biochim Biophys Acta. 0-4.2010. ( IF=5)
(4)Ren YF, Li G, Wu J, Xue YF, Song YJ, LV L, Zhang XJ, Tang KF*. Dicer-Dependent Biogenesis of Small RNAs Derived from 7SL RNA. PLoS One. 7(7):e4. ( IF=4.092)
(5) Ren YF, Li G, Xue YF, Zhang XJ, Song YJ, LV L, Wu J, Fang YX, Wang YQ, Shi KQ, Chen YP, Tang KF*. Decreased Dicer expression enhances SRP-mediated protein targeting. PLoS One. http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0056950. (IF=4.092)
(6) Sun XR, Wu, Shi KQ, Tang KF*. Relationship between IL-10 gene -1082A/G and -592C/A polymorphisms and the risk of hepatitis C infection: a meta-analysis. J Viral Hepat，doi:10.1111/jvh.12082. (IF=4.088)
(7) Tang KF*, Chen M, Xie J, Song GB, Shi YS, Liu Q, Mei ZC, Steinle A, Ren H*. Inhibition of hepatitis B virus replication by small interference RNA induces expression of MICA in HepG2.2.15 cells, Medical Microbiology and Immunology. 198 (1): 27-32. 2009. ( IF=3.833)
(8) Tang KF*, He CX, Zeng GL, Wu J, Song GB, Shi YS, Zhang WG, Huang AL, Steinle A, Ren H*. Induction of MHC class I-related chain B (MICB) by 5-aza-2'-deoxycytidine. Biochem Biophys Res Commun. 370(4):578-83. 2008. ( IF=2.484)
(9) Wu JF, Shen W, Liu NZ, Zeng GL, Yang M, Zuo GQ, Gan XN, Ren H, Tang KF*. Down-regulation of Dicer in hepatocellular carcinoma. Med Oncol. 28(3):804-9. 2011. (IF=2.14)
(10) Tang KF*, Xie J, Chen M, Liu Q, Zhou XY, Zeng W, Huang AL, Zuo GQ, Wang Y, Xiang R, Ren H*. Knockdown of damage-specific DNA binding protein 1 (DDB1) enhances the HBx-siRNA-mediated inhibition of HBV replication. Biologicals. 36(3):177-83. 2008. (IF=1.698)
(11) Chen M, Zhang D, Zhen W, Shi Q, Liu Y, Ling N, Peng M, Tang K, Hu P, Hu H, Ren H*. Characteristics of circulating TCR&&T cells from individuals chronically infected with HBV: an association between V&2T subtype and chronic HBV infection. J Infect Dis. 198(11):08. (IF=6.41)
(12) Hu P, Hu HD, Chen M, Peng ML, Tang L, Tang KF, Matsui M, Belladonna ML, Yoshimoto T, Zhang DZ, Xiang R, Ren H*. Expression of interleukins-23 and 27 leads to successful gene therapy of hepatocellular carcinoma. Mol Immunol. 46(8-9):09. (IF=2.897)
(13) Hu P, Peng ML, Chen M, Hu HD, Tang L, Tang KF, Ren H*. Molecular cloning, expression and characterization of an interleukin 27 p28 homolog in pig (Sus scrofa). Vet Immunol Immunopathol. 130(3-4):262-7. 2009. (IF=2.076)
（14）Tang KF*, Wang Y, Wang P, Chen M, Chen Y, Hu HD, Hu P, Wang B, Yang W, Ren H*. Upregulation of PHLDA2 in Dicer knockdown HEK293 cells. Biochim Biophys Acta. (5):820-5. IF=5
（15）Shi N, Zhou W, Tang K, Gao Y, Jin J, Gao F, Peng X, Bartlam M, Qiang B, Yuan J, Rao Z. Expression, crystallization and preliminary X-ray studies of the recombinant PTB domain of human dok-5 protein. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2002 D58(Pt 12):2170-2. IF=12.619
（16）Kai-Fu Tang*, Dicer regulates the expression of major histocompatibility complex (MHC) class I chain-related genes A and B. Histocompatibility (ISBN 979-953-307-342-1). (book chapter)
2&课题组成员简介：
（1）研究助手
李桂玲博士，1994年9 至2001年7月在厦门大学学习，先后获得生物学士学位及微生物学硕士学位。2001年9月至2007年5月在美国Wayne State Universtiy学习，获博士学位（PhD）。2007年7月至2011年1月在意大利National Research Council从事博士后研究。2011年2月作为人才引进被聘为本课题组的研究助手。先后获得FEBS Young Scientists Forum Fellowship (2008年)，Outstanding Graduate Research Assistant Award (Wayne State University，2006年)，Thomas C. Rumble Graduate Fellowship (Wayne State University，2001年)等荣誉及奖励。在J Biol Chem等杂志发表文章10篇，总影响因子约40分。主持国家自然科学基金1项，作为骨干参与863重点项目&重大疾病的基因组技术&1项。&
吴建民博士，副教授。2003年7月毕业于兰州大学生命科学学院生物学基地班，获理学学士学位；2003年9月至2009年7月就读于兰州大学生命科学院，获理学博士（中美联合培养博士，中方导师安黎哲教授，美方导师美国科学院院士朱健康教授）；2007年9月至2009年5月先后在美国加州大学河滨分校植物系、美国马里兰州大学植物与园艺系朱健康教授、朱健华教授实验室从事合作研究。2009年8月作为人才引进被聘为本课题组的研究助手。目前主持国家自然基金等4项。在国际刊物发表文章10篇。
（2 ）在读研究生
方喻晓：2009年毕业于北京大学
薛永峰：2009年毕业于江苏科技大学
张雪娇：2010年毕业于泰山医学院
宋怿江：2010年毕业于武汉工程大学
邓竹君：2011年毕业于成都医学院
孙向茹：2011年毕业于新乡医学院
陈&丽：2012年毕业于辽宁大学
董姗姗：2012年毕业于湖南科技大学
王康利：2012年毕业于四川农业大学
王玉群：联合培养
曹肃婷：联合培养
雷尤春：联合培养
刘力源：联合培养
（3）已毕业研究生工作单位：
任永峰：清华大学
吕 &&&陆：北京生命科学研究所 (NIBS)
3 研究方向：
乙型肝炎病毒（HBV）感染是当前严重的全球健康问题之一。全球约有20亿人曾感染过HBV，其中3.5～4亿为慢性感染者。我国的HBV携带者高达1.3亿，慢性乙肝患者约有3000万。全世界每年约有100万人死于HBV感染所致的肝衰竭、肝硬化和原发性肝癌。慢性HBV感染是肝癌发生的重要原因之一，流行病学调查显示慢性HBV感染者患肝癌的机率比非病毒携带者约高100倍。在亚洲，约80～90%的肝癌病例与慢性HBV感染有关。肝癌是一种常见的恶性肿瘤，其发生率和死亡率在全球恶性肿瘤中分别占第6位和第3位，在我国则占第3位和第2位。中国是肝癌发病率最高的国家，在全世界每年新增的约60～70万肝癌患者中，中国患者约占50%。因此，深入研究慢性HBV感染导致肝癌发生的分子机理，探索有效阻断慢性乙型肝炎恶性转化的新方法，是我国肝病科研和临床工作者面临的极大挑战。
本课题组近年来主要研究Dicer及ncRNA在慢性乙型病毒性肝炎恶性转化过程中的作用。我们发现，Dicer在慢性乙型病毒性肝炎病人肝组织及大多数肝癌组织中表达降低 (Wu et al, 2010, Med Oncol)。Sekine等发现在肝脏中敲除Dicer导致肿瘤发生（2009, Gastroenterology)。因此我们提出Dicer表达降低可能是慢性乙型病毒性肝炎恶性转化的原因之一。关于Dicer表达降低引起肝癌的机理，我们也做了一些初步研究：①我们发现抑制Dicer的表达能够诱导DNA损伤，因此Dicer表达降低可能引起基因突变从而诱导肿瘤发生(Tang et al, J Cell Biol, 2008)。② DNA损伤能够诱导miR-34a的表达，我们发现miR-34a通过靶向Fra-1抑制肿瘤细胞的增殖和侵袭能力（Wu et al, Carcinogenesis, 2012）。因此Dicer可能通过对miR-34a表达的调节影响肿瘤的发生。③抑制Dicer 表达能够诱导EGR1的表达，EGR1激活纤维粘连蛋白的转录，从而调节肿瘤细胞的迁移和侵袭能力(Tang et al, BBA, 2010)。④我们最近发现Dicer能够切割7SL RNA生成不同长度的片段（Ren et al, Plos One, 2012）。7SL RNA是信号肽识别颗粒（signal recognition particle, SRP）的组成成分之一，参与细胞膜糖蛋白及分泌蛋白的跨膜转运，而细胞膜糖蛋白的表达与肿瘤发生发展密切相关。另外，7SL RNA 还能够调节肿瘤细胞的增殖。因此Dicer可能通过调节7SL RNA的表达参与肿瘤发生。⑤近年来的研究表明表观遗传学（包括ncRNA、DNA甲基化和组蛋白修饰）异常在肿瘤发生发展过程中起重要作用，我们的结果证实Dicer能够在哺乳动物细胞中调节组蛋白的修饰(Tang et al,BBA,2007 )。
本课题组将在此基础上，运用基因组学、生物信息学、生化分子生物学、细胞生物学等多学科、多层面的新技术、新方法，从分子、细胞及整体水平研究慢性乙型肝炎恶性转化的过程及分子机理。&
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