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请问这是什么情况？
pdb2gmx_mpid -f SNS.pdb -o sns.gro -p sns.top -i sns.itp输入进去它之后
& &:-)&&G&&R&&O&&M&&A&&C&&S&&(-:
& && && && && && && && &&&GROtesk MACabre and Sinister
& && && && && && && && && & :-)&&VERSION 4.6.3&&(-:
& && &&&Contributions from Mark Abraham, Emile Apol, Rossen Apostolov,
& && && &&&Herman J.C. Berendsen, Aldert van Buuren, P盲r Bjelkmar,&&
& &&&Rudi van Drunen, Anton Feenstra, Gerrit Groenhof, Christoph Junghans,
& && &&&Peter Kasson, Carsten Kutzner, Per Larsson, Pieter Meulenhoff,
& && && &&&Teemu Murtola, Szilard Pall, Sander Pronk, Roland Schulz,
& && && && && & Michael Shirts, Alfons Sijbers, Peter Tieleman,
& && && && && &Berk Hess, David van der Spoel, and Erik Lindahl.
& && & Copyright (c) , University of Groningen, The Netherlands.
& && && &Copyright (c) 13, The GROMACS development team at
& && &&&Uppsala University & The Royal Institute of Technology, Sweden.
& && && && &check out http://www.gromacs.org for more information.
& && && &This prog you can redistribute it and/or
& && & modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
& && &&&as published by the Free Software F either version 2.1
& && && && & of the License, or (at your option) any later version.
& && && && && && & :-)&&pdb2gmx_mpid (double precision)&&(-:
Option& &&&Filename&&Type& && && &Description
------------------------------------------------------------
&&-f& && &&&SNS.pdb&&Input& && &&&Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
&&-o& && &&&sns.gro&&Output& && & Structure file: gro g96 pdb etc.
&&-p& && &&&sns.top&&Output& && & Topology file
&&-i& && &&&sns.itp&&Output& && & Include file for topology
&&-n& && &clean.ndx&&Output, Opt. Index file
&&-q& && &clean.pdb&&Output, Opt. Structure file: gro g96 pdb etc.
Option& && & Type& &Value& &Description
------------------------------------------------------
-h& && & bool& &no& && &Print help info and quit
-version bool& &no& && &Print version info and quit
-nice& && &&&int& & 0& && & Set the nicelevel
-chainsep& & enum& &id_or_ter&&Condition in PDB files when a new chain should
& && && && && && && && && & be started (adding termini): id_or_ter,
& && && && && && && && && & id_and_ter, ter, id or interactive
-merge& && & enum& &no& && &Merge multiple chains into a single
& && && && && && && && && & : no, all or interactive
-ff& && && & string select&&Force field, interactive by default. Use -h for
& && && && && && && && && & information.
-water& && & enum& &select&&Water model to use: select, none, spc, spce,
& && && && && && && && && & tip3p, tip4p or tip5p
-inter& &bool& &no& && &Set the next 8 options to interactive
-ss& && &bool& &no& && &Interactive SS bridge selection
-ter& &&&bool& &no& && &Interactive termini selection, instead of charged
& && && && && && && && && & (default)
-lys& &&&bool& &no& && &Interactive lysine selection, instead of charged
-arg& &&&bool& &no& && &Interactive arginine selection, instead of charged
-asp& &&&bool& &no& && &Interactive aspartic acid selection, instead of
& && && && && && && && && & charged
-glu& &&&bool& &no& && &Interactive glutamic acid selection, instead of
& && && && && && && && && & charged
-gln& &&&bool& &no& && &Interactive glutamine selection, instead of
& && && && && && && && && & neutral
-his& &&&bool& &no& && &Interactive histidine selection, instead of
& && && && && && && && && & checking H-bonds
-angle& && & real& &135& &&&Minimum hydrogen-donor-acceptor angle for a
& && && && && && && && && & H-bond (degrees)
-dist& && &&&real& &0.3& &&&Maximum donor-acceptor distance for a H-bond (nm)
-una& &&&bool& &no& && &Select aromatic rings with united CH atoms on
& && && && && && && && && & phenylalanine, tryptophane and tyrosine
-ignh& & bool& &no& && &Ignore hydrogen atoms that are in the coordinate
& && && && && && && && && & file
-missing bool& &no& && &Continue when atoms are missing, dangerous
-v& && & bool& &no& && &Be slightly more verbose in messages
-posrefc& &&&real& &1000& & Force constant for position restraints
-vsite& && & enum& &none& & Convert atoms to virtual sites: none, hydrogens
& && && && && && && && && & or aromatics
-heavyh&&bool& &no& && &Make hydrogen atoms heavy
-deuterate bool no& && &Change the mass of hydrogens to 2 amu
-chargegrp bool yes& &&&Use charge groups in the .rtp file
-cmap& & bool& &yes& &&&Use cmap torsions (if enabled in the .rtp file)
-renum& &bool& &no& && &Renumber the residues consecutively in the output
-rtpres&&bool& &no& && &Use .rtp entry names as residue names
Select the Force Field:
From '/home/gromacs/programs/gromacs4.6/share/gromacs/top':
1: AMBER03 protein, nucleic AMBER94 (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, , 2003)
2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, , 1995)
3: AMBER96 protein, nucleic AMBER94 (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)
4: AMBER99 protein, nucleic AMBER94 (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, , 2000)
5: AMBER99SB protein, nucleic AMBER94 (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)
6: AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 10)
7: AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, , 2002)
8: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0
9: cnt_oplsaa
10: GROMOS96 43a1 force field
11: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)
12: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 5)
13: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
14: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
15: GROMOS96 54a7 force field (Eur. Biophys. J. (2011), 40,, 843-856, DOI: 10.-011-0700-9)
16: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
17:&&Encad all-atom force field, using full solvent charges
18:&&Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges
19:&&Gromacs force field (see manual)
20:&&Gromacs force field with hydrogens for NMR
也不出现拓扑文件，这是什么情况？改怎样生成拓扑文件呢？
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”这句话分别是谁在 什么情况下说的?他们在是在句话的时候,看到了什么,会想到些什么?
小雪硢崺qc98
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在3种情况下说的第一次是清明节前的一个晚上,“我”漫步在天安门广场上,忽然背后传来一声赞叹：“多好啊!”说这话的人也许是第一次来北京,也许是时过几年又来北京,看到北京的美丽,看到人民的幸福生活,“多好啊!”是出自内心的赞美.第二次是战斗打响前,郝副营长借着火柴的亮光在看一本破书.书上的插图画的是一个孩子在电灯下读书.“多好啊”是郝副营长看插图时的自言自语.此时,他也许想到胜利以后,人民过上幸福生活,也许触景生情,暗暗下决心,为了战斗的胜利,为了下一代能过上美好生活,要勇往直前,不怕牺牲.第三次是郝副营长在和“我”交谈时说的话,“多好啊”是他对未来幸福生活的憧憬,“赶明儿胜利了,咱们也能用上电灯,让孩子们都在那样亮的灯光底下学习”.
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第一个是路人说的，第二个是郝副营长说的第三个也是
哈哈，我刚做完。应该是郝副营长在战前说的应该看到了图画中一个小孩正在灯光底下学习想到有两个：一按电钮，电灯就亮了；战胜后，让孩子在灯光底下学习。应该是这样吧！……………………
第一个是在天安门时路人说的，第二个是郝副营长说的第三个也是.
每家每户都用上了电灯，人民过上了幸福的生活。上一题我就不打了
第一次说这话的人是在欣赏这美丽的景色时发出的由衷的赞叹。正是这一声赞叹，引起了作者对往事的回忆。第二次说这话的是郝副营长，战争时期，条件极其艰苦，很多人从没有见过电灯，郝副营长也没有见到过，他对图上的孩子能在灯光下看书深感羡慕。第三次说这话的仍然是郝副营长，他相信战争胜利以后，孩子们能在灯光底下学习，他心中充满了对未来美好生活的向往与憧憬。...
上还是下？给我课文
在3种情况下说的第一次是清明节前的一个晚上，“我”漫步在天安门广场上，忽然背后传来一声赞叹：“多好啊!”说这话的人也许是第一次来北京，也许是时过几年又来北京，看到北京的美丽，看到人民的幸福生活，“多好啊!”是出自内心的赞美。 第二次是战斗打响前，郝副营长借着火柴的亮光在看一本破书。书上的插图画的是一个孩子在电灯下读书。“多好啊”是郝副营长看插图时的自言自语。此时，他也许想到胜利以后，人民...
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